违章建筑在基本农田上的拆除主体，主要是县级以上人民政府土地行政主管部门，在特定情况下也可能涉及乡、镇人民政府。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律背景与依据
根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，对于违反土地管理法律、法规，占用基本农田进行非农业建设的行为，县级以上人民政府土地行政主管部门有权责令限期改正或者治理，并可以处以罚款。在严重情况下，如构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。此外，对于在基本农田上建设的违章建筑，相关部门有权依法进行拆除。
二、拆除主体的具体分析
县级以上人民政府土地行政主管部门：
- 这是主要的拆除主体，负责监督和管理土地资源的合理利用，对违反土地管理法律、法规的行为进行查处。
- 在发现基本农田上存在违章建筑时，该部门有权依法进行调查、取证，并作出拆除决定。
乡、镇人民政府：
- 在某些特定情况下，如违章建筑规模较小、影响范围有限，且乡、镇人民政府具备相应的执法能力和资源时，也可能成为拆除主体。
- 但这通常需要依据地方性法规或规章的具体规定，且需在县级以上人民政府土地行政主管部门的指导和监督下进行。
三、拆除程序的说明
- 在拆除违章建筑前，相关部门通常会进行调查取证，确认违章建筑的事实和性质。
- 随后，会向违章建筑的建设者或使用者发出拆除通知，要求其在规定期限内自行拆除。
- 如果逾期未拆除，相关部门将依法组织强制拆除，并可能处以罚款等行政处罚。
四、法律建议与风险提示
对于建设者或使用者：
- 在建设前应充分了解土地性质和用途，确保建设行为符合土地管理法律、法规的规定。
- 如果发现自己的建设行为可能涉及违章建筑，应及时与相关部门沟通，寻求合法解决方案，避免面临拆除和处罚的风险。
对于相关部门：
- 在拆除违章建筑时，应严格遵守法定程序，确保拆除行为的合法性和正当性。
- 同时，应注重保护当事人的合法权益，避免因拆除行为引发不必要的纠纷和冲突。
如果您在基本农田上遇到违章建筑拆除的相关问题，或者对土地管理法律、法规有任何疑问，都可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。