针对“原有违章建筑不在基本农田怎么处理”这一问题，核心结论是需根据违章建筑的具体情况，结合相关法律法规，采取不同的处理措施，主要包括限期拆除、罚款、没收违法所得或建筑物、补办手续等。以下从不同角度进行详细分析：

1. 限期拆除：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
   • 适用情况：如果违章建筑严重违反了城乡规划，且无法通过改正措施消除影响，那么相关部门有权责令限期拆除。

2. 罚款：

   • 法律依据：同样依据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，对于尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的违章建筑，可以限期改正，并处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。
   • 适用情况：如果违章建筑对城乡规划的影响不大，且可以通过改正措施消除影响，那么相关部门可能会选择罚款作为处理方式。

3. 没收违法所得或建筑物：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。对于非基本农田的违章建筑，如果符合土地利用总体规划，也可能面临没收的处罚。
   • 适用情况：如果违章建筑是通过非法手段占用土地建设的，且符合土地利用总体规划，那么相关部门可能会选择没收违法所得或建筑物作为处理方式。

4. 补办手续：

   • 法律依据：在某些情况下，如果违章建筑符合相关规划要求，且可以通过补办手续使其合法化，那么相关部门可能会允许建设者补办相关手续。
   • 适用情况：这通常适用于那些因历史原因或特殊情况而形成的违章建筑，且这些建筑对城乡规划的影响不大。

行动建议：

• 了解具体情况：首先，需要了解违章建筑的具体情况，包括其位置、规模、建设时间、用途等，以便确定其是否违反了相关法律法规。
• 咨询相关部门：建议咨询当地的城乡规划部门或自然资源主管部门，了解他们对违章建筑的具体处理政策和程序。
• 积极配合处理：如果违章建筑确实违反了相关法律法规，建议积极配合相关部门的处理工作，按照要求限期拆除、缴纳罚款或补办手续等。

在处理原有违章建筑时，务必遵循相关法律法规和政策要求，确保处理工作的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。