结论：在办公楼内建设小型实验室并在其中工作是否违法，不能一概而论，需根据实验室的性质、用途、建设过程是否合规以及是否符合相关法律法规和规定来判断。以下从多个角度进行分析：
一、实验室性质与用途
科研实验：
- 如果实验室是用于合法的科研实验活动，且实验内容不涉及危险物质或违法活动，那么通常不会构成违法。但需确保实验室的建设和使用符合科研活动的相关要求和标准，如安全规范、环保要求等。
生产或加工：
- 如果实验室实际上是一个生产或加工场所，那么需要判断该生产或加工活动是否合法。例如，是否取得了必要的生产许可、是否符合安全生产标准等。如果未经许可或不符合标准，则可能构成违法。
二、建设过程合规性
规划与审批：
- 建设实验室前，需确认是否已按照相关规定进行了规划申报和审批。如果未经规划部门批准擅自建设，可能构成违法建设，面临拆除、罚款等法律后果。
建筑安全与消防：
- 实验室的建设需符合建筑安全和消防要求。如果实验室存在安全隐患或消防不达标，可能面临整改或停业整顿等处罚。
三、相关法律法规与规定
环保法规：
- 如果实验室涉及使用或产生有害物质，需确保符合环保法规的要求。例如，需取得排污许可证、确保废气废水达标排放等。否则，可能面临环保部门的处罚。
安全生产法规：
- 实验室需遵守安全生产法规，确保实验活动的安全进行。如果因实验室管理不善导致安全事故，相关责任人可能面临法律责任。
其他专项规定：
- 根据实验室的具体性质和用途，还可能涉及其他专项规定，如生物安全、辐射安全等。需确保实验室符合这些专项规定的要求。
四、建议与措施
自查自纠：
- 建议公司先对实验室进行自查自纠，确认实验室的建设和使用是否符合相关法律法规和规定。如有不符合之处，应及时整改。
咨询相关部门：
- 如果对实验室的合规性存在疑问，建议咨询当地规划、环保、安全生产等相关部门，获取专业的指导和建议。
完善管理制度：
- 建立完善的实验室管理制度，确保实验活动的合法、安全、环保进行。包括实验人员的培训、实验设备的维护、实验废弃物的处理等方面。
总结：在办公楼内建设小型实验室并在其中工作是否违法，需根据具体情况进行判断。如果实验室的建设和使用符合相关法律法规和规定，且实验活动合法、安全、环保，那么通常不会构成违法。但如有任何不符合之处，建议及时整改并咨询相关部门，以避免法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。