您好，关于自建实验室是否违法的问题，这主要取决于实验室的建设、使用以及管理是否符合相关法律法规的规定。

首先，从实验室的建设层面来看，如果您计划新建、改建或扩建一级、二级实验室，根据《病原微生物实验室生物安全管理条例》第二十五条的规定，您应当向设区的市级人民政府卫生主管部门或者兽医主管部门进行备案。这是确保实验室建设符合生物安全要求的重要步骤，未进行备案可能会面临行政处罚。

其次，实验室的使用和管理也必须严格遵守相关法律法规。例如，实验室产生的废弃物，包括废气、废水等，必须按照环保要求进行处理，不能直接排放到环境中。如果实验室涉及使用危险化学品或生物材料，还需要遵守相关的危险化学品管理和生物安全管理规定，确保人员和环境的安全。

以您提供的第二个案例为例，东莞某生物科技服务有限公司因未办理生态环境审批及自主验收手续，亦未办理排污许可证或填报固定污染源排污登记表，且擅自设有试剂配制、样品预处理等工序并投入生产使用，最终因涉嫌存在未批先建、未验先投行为而受到查处。这个案例就很好地说明了实验室建设和使用过程中必须遵守的法律法规要求。

因此，自建实验室本身并不违法，但必须确保实验室的建设、使用和管理都符合相关法律法规的规定。如果您有自建实验室的计划，建议您先了解并遵守当地的法律法规要求，确保实验室的合法性和安全性。如果您在具体操作过程中有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询相关部门或专业人士。