在自己公司院子里建小厂房是否违法，需分情况讨论：

1. 规划与用地性质合规：

   • 若公司院子所在土地性质为工业用地，且建设小厂房符合当地城乡规划要求（如建筑密度、高度、用途等），同时已依法办理建设工程规划许可证等审批手续，则该行为合法。
   • 法律依据：根据《城乡规划法》第四十条，在城市、镇规划区内进行建筑物建设的，应申请办理建设工程规划许可证。未取得许可证擅自建设的，可能面临限期拆除、罚款等处罚。

2. 用地性质不符或未审批：

   • 若土地性质为住宅用地、商业用地等非工业用地，或未取得建设工程规划许可证即建设，则属于违法建设。
   • 法律后果：根据《城乡规划法》第六十四条，未取得规划许可或未按许可建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或违法收入，可并处建设工程造价百分之十以下的罚款。

3. 环保与消防要求：

   • 即使规划与用地合规，小厂房的建设还需满足环保（如废水、废气、噪音排放）和消防（如安全出口、消防设施）要求。未通过环保验收或消防验收的，不得投入使用，否则可能面临行政处罚或停产整顿。

建议与风险提示：

• 行动前：务必确认土地性质、规划要求，并依法办理审批手续。可咨询当地自然资源与规划部门，了解具体流程。
• 建设中：严格按审批内容施工，避免擅自变更设计或超范围建设。
• 争议解决：若已存在违法建设，建议主动与相关部门沟通，争取补办手续或减轻处罚；若面临强制拆除，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

总结：在自己公司院子里建小厂房是否违法，关键在于是否符合规划、用地性质及审批要求。建议提前规划、依法操作，以避免法律风险。如有具体疑问或需进一步法律帮助，可直接向我咨询。