企业法人代表不配合法院调查时，企业可以采取以下措施来应对：

1. 理解法人代表的义务与责任：

   • 企业法人代表作为企业的法定代表人，有义务配合法院的调查工作，这是其法定职责之一。若法人代表不配合，可能构成对法律程序的阻碍，甚至可能面临法律责任。

2. 尝试内部沟通与协调：

   • 在采取法律手段之前，企业可以尝试通过内部沟通与协调来解决。例如，通过董事会或股东会决议，要求法人代表配合法院调查，并明确其不配合的后果。
   • 如果法人代表因个人原因无法配合，企业可以考虑临时更换法人代表，以确保法律程序的顺利进行。

3. 向法院说明情况并申请协助：

   • 如果法人代表仍然不配合，企业应及时向法院说明情况，并申请法院采取必要的措施来确保调查的顺利进行。
   • 法院有权根据具体情况，对法人代表采取强制措施，如传唤、拘传等，以迫使其配合调查。

4. 考虑法律责任与后果：

   • 如果法人代表的不配合行为导致企业遭受损失或面临法律风险，企业可以依法追究其法律责任。
   • 在某些情况下，法人代表的不配合行为可能构成妨碍公务罪或其他犯罪，企业可以向公安机关报案，要求追究其刑事责任。

5. 完善企业治理结构以预防类似问题：

   • 企业应完善其治理结构，明确法人代表的职责与权限，并建立有效的监督机制，以预防类似问题的再次发生。
   • 例如，企业可以设立专门的法务部门或聘请法律顾问，负责处理与法律相关的事务，包括配合法院调查等。

具体行动建议：

• 立即与法人代表沟通：了解其不配合的具体原因，并尝试说服其配合法院调查。
• 准备相关证据材料：如法人代表不配合的书面证据、企业内部决议等，以备向法院说明情况时使用。
• 咨询专业律师：在采取任何法律行动之前，建议咨询专业律师，以确保行动的合法性和有效性。作为程保华律师，我专注于公司事务和合同纠纷领域，可以为你提供专业的法律咨询和帮助。

可能面临的法律后果：

• 如果法人代表的不配合行为导致企业遭受损失，企业可能面临民事赔偿的风险。
• 如果法人代表的行为构成犯罪，如妨碍公务罪，其可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。

总之，企业法人代表不配合法院调查是一个严重的问题，企业应积极采取措施来应对，并咨询专业律师以确保行动的合法性和有效性。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。