结论：工程材料款甲方直接转给材料供应商是否合法，需根据具体情况判断，包括合同约定、款项性质、支付方式及是否损害第三方利益等因素。以下从不同角度详细分析：

1. 合同约定优先

• 合法情形：若甲方与乙方（施工单位）的合同中明确约定，甲方有权直接向材料供应商支付材料款（如“背靠背条款”），或乙方书面授权甲方直接支付，则该行为合法。
  法律依据：根据《民法典》第509条，当事人应按约定全面履行义务。若合同有明确约定，甲方行为符合合同自由原则。
• 风险点：若合同未约定或约定模糊，甲方直接支付可能构成违约，需承担乙方因此遭受的损失（如乙方因未收到款项导致资金链断裂的违约责任）。

2. 款项性质与支付方式

• 专款专用情形：若材料款属于甲方代付的“专款”，且乙方同意（如通过补充协议或书面确认），甲方直接支付不违法。
  示例：甲方为确保工程质量，要求将部分工程款直接支付给指定供应商，乙方签字确认后，该行为合法。
• 擅自支付风险：若甲方未经乙方同意，擅自将本应支付给乙方的工程款直接转给供应商，可能构成“不当扣款”，乙方有权要求甲方补足款项并赔偿损失。

3. 是否损害第三方利益

• 供应商权益：若供应商已按合同履行供货义务，且甲方支付行为未损害供应商利益（如供应商同意直接收款），则合法。
  
• 乙方权益：若甲方支付导致乙方无法正常结算（如乙方需用该款项支付其他债务），可能引发纠纷。此时，乙方可主张甲方行为违反公平原则，要求调整支付方式。

4. 税务与财务合规性

• 合法情形：甲方直接支付材料款后，若能确保乙方正常开具发票、完成税务申报，且符合财务制度要求，则合法。
  
• 风险点：若甲方支付导致乙方无法正常入账（如供应商未向乙方开具发票），可能引发税务风险（如虚开发票、偷逃税款），此时甲方行为可能被认定为违法。

法律建议

1. 审查合同条款：若您是乙方，应优先检查合同是否约定甲方可直接支付材料款；若您是甲方，需确保合同有明确授权或乙方书面同意。
2. 书面确认流程：无论甲乙双方，均建议通过补充协议、付款委托书等形式固定支付方式，避免口头约定。
3. 保留证据：支付时需留存转账记录、供应商收货确认单、乙方授权文件等证据，以备纠纷时举证。
4. 税务合规：确保支付流程符合税务要求，避免因财务处理不当引发法律风险。

示例场景：

• 合法案例：甲方与乙方合同约定“材料款由甲方直接支付给供应商，乙方负责协调供货”，甲方按约支付后，乙方无异议。
  
• 违法案例：甲方未经乙方同意，擅自将工程款中的材料款支付给供应商，导致乙方无法支付工人工资，乙方起诉甲方要求补足款项。

如有进一步疑问或需具体方案，可直接向我咨询，我会结合您的合同条款和实际交易流程提供针对性建议。