水井承包人能否自行定价需分情况讨论，具体取决于承包合同的约定以及相关法律法规的规定。以下是详细分析：

1. 合同有明确约定时
   若承包合同中已明确约定了水井的使用费用、定价方式或价格调整机制（如固定价格、按用水量计价、定期调整等），则承包人必须按照合同约定执行，无权单方面变更价格。此时若承包人擅自提高价格，可能构成违约，需承担违约责任。

2. 合同无明确约定时
   若合同未对定价作出具体约定，承包人是否可以自行定价需结合以下因素判断：

   • 市场惯例：若当地存在行业惯例或市场通行价格，承包人定价应参考此类标准，避免显失公平。
     
   • 协商原则：承包人需与水井使用方（如村民、企业等）协商确定价格，双方达成一致后方可执行。若协商不成，可能需通过调解、仲裁或诉讼解决争议。
     
   • 法律限制：若水井涉及公共资源（如农村集体所有水井），定价可能受《民法典》《价格法》等限制，需符合政府指导价或备案要求，承包人无权随意定价。

3. 特殊情形下的定价权

   • 政府定价或指导价：若水井属于市政供水设施或受政府监管的公共资源，价格可能由物价部门制定，承包人无权自行调整。
     
   • 紧急情况：在干旱、污染等紧急情况下，承包人若需临时调整价格，需提前告知使用方并说明理由，否则可能因“显失公平”被撤销定价行为。

建议：

• 承包人应优先审查合同条款，明确自身权利义务；
  
• 若需调整价格，建议通过书面协议与使用方协商，避免口头约定引发纠纷；
  
• 若涉及公共资源或政府监管，需提前咨询当地水利、物价部门，确保定价合法合规。
  

如有具体合同或场景需要分析，可进一步向我说明细节。