核心结论：供应商已退款但未开具红字发票，您可采取以下措施处理：1. 与供应商协商补开；2. 向税务机关举报或申请协助；3. 自行调整账务并留存证据。以下为具体分析：

1. 与供应商协商补开红字发票

• 法律依据：根据《中华人民共和国发票管理办法》及增值税相关规定，销售方（供应商）在发生退货、退款或服务中止时，有义务开具红字发票冲减原销售额。若供应商未履行该义务，属于违规行为。
• 操作建议：
  • 书面要求供应商补开红字发票，明确退款事实、金额及未开票的违约责任（如保留追究其行政处罚或民事赔偿的权利）。
  • 若供应商以“已退款无需开票”等理由拒绝，可引用税法条款说明其义务，并强调红字发票是您企业合法抵扣进项税、避免税务风险的必要凭证。

2. 向税务机关举报或申请协助

• 适用情形：协商无果或供应商失联、拒不配合。
• 操作步骤：
  • 举报违规：向当地税务局稽查局举报供应商未按规定开具红字发票的行为，税务机关可对其处以罚款（如《发票管理办法》第三十五条规定的“未按照规定开具发票”可处1万元以下罚款）。
  • 申请协助：向主管税务机关提交《开具红字增值税专用发票信息表》（需提供退款协议、银行流水等证明材料），由税务机关协调供应商补开，或直接为您企业办理进项税额转出等调整手续。

3. 自行调整账务并留存证据

• 风险应对：若短期内无法取得红字发票，需在账务上做进项税额转出处理（即从“进项税额”科目转入“成本费用”科目），避免被税务机关认定为“偷逃税款”。
• 证据留存：
  • 保存退款协议、银行转账记录、供应商书面承诺（如有）等材料，证明退款事实。
  • 在企业所得税汇算清缴时，将无法抵扣的进项税额纳入成本扣除，降低税务风险。

补充说明

• 时间限制：红字发票的开具无明确时效限制，但建议尽快处理，避免因供应商注销、失联等导致无法补开。
• 合同条款：若采购合同中未约定退款时开具红字发票的义务，可在后续合作中补充条款，明确违约责任（如按日收取违约金）。

提示：若涉及金额较大或供应商态度强硬，建议委托律师发送律师函或直接起诉，通过法律途径强制其履行义务。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。