关于“加班请假是否扣全勤奖”的问题，结论需要分情况讨论，具体取决于公司规章制度和劳动合同的约定。以下从不同角度为你详细分析：

1. 公司规章制度有明确规定的情况
   如果公司规章制度中明确规定“加班请假扣除全勤奖”，且该制度经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、公示等），且不违反法律强制性规定（如最低工资标准、加班费支付等），那么公司扣除全勤奖的行为通常具有合法性。
   法律依据：根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，需经民主程序并公示或告知劳动者。若制度合法有效，劳动者需遵守。
   建议：可要求公司出示相关制度文件，确认扣除全勤奖的条款是否明确、合理。

2. 公司规章制度未明确规定的情况
   若公司规章制度或劳动合同中未提及“加班请假扣除全勤奖”，则公司无权单方面扣除。全勤奖属于劳动报酬的一部分（如与工资挂钩），公司随意扣除可能涉嫌克扣工资。
   法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资，除非因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失等法定情形。
   建议：可与公司协商要求补发全勤奖，或向劳动监察部门投诉。

3. 劳动合同有特殊约定的情况
   若劳动合同中明确约定“加班请假扣除全勤奖”，且该约定不违反法律强制性规定（如未低于最低工资标准），则可能被认定为有效。但需注意，此类约定需劳动者签字确认，且公司需履行告知义务。
   建议：仔细审查劳动合同条款，确认扣除全勤奖的约定是否合理、合法。

4. 全勤奖的性质与法律风险
   全勤奖通常属于公司自主设立的福利性奖励，而非法定劳动报酬。但若全勤奖与工资总额挂钩（如占工资一定比例），则可能被认定为工资组成部分，公司不得随意扣除。
   风险提示：若公司扣除全勤奖导致劳动者实际工资低于当地最低工资标准，则涉嫌违法，劳动者可主张补足差额。

给你的建议：

1. 优先协商：与公司HR或上级沟通，了解扣除全勤奖的具体依据（如制度条款、合同约定），并要求书面说明。
   
2. 核查制度合法性：若公司以制度为依据，可要求出示制度制定程序（如民主讨论记录、公示证明）及内容合法性证明。
   
3. 保留证据：保存工资条、劳动合同、公司制度文件等证据，以备后续维权。
   
4. 维权途径：若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁主张权益。

总结：加班请假是否扣全勤奖，需结合公司制度、劳动合同及法律规定综合判断。若公司行为缺乏合法依据，你有权主张返还。如有进一步疑问，可直接向我咨询。