结论：一般情况下，合同关联方打款，开票通常不可以直接开给合同主体，但在特定条件下可以。以下分情况详细说明：
常规情况不允许
- 从税务和财务合规的角度来看，发票的开具应当遵循“三流一致”原则，即资金流、货物流（或服务流）、发票流保持一致。在合同关联方打款的情形下，资金流是从关联方流向收款方，而合同主体是签订合同并约定权利义务的双方。如果此时开票给合同主体，就出现了资金流与发票流不一致的情况。
- 例如，A公司与B公司签订了一份买卖合同，约定A公司向B公司销售货物。但实际付款时，是A公司的关联方C公司向B公司支付了货款。如果B公司直接将发票开具给A公司，这就打破了“三流一致”的常规逻辑。税务机关在检查时，可能会认为这种操作存在虚开发票的嫌疑，因为无法直接证明货物或服务的实际交易双方与发票开具对象之间的对应关系，从而给企业带来税务风险，如被要求补缴税款、加收滞纳金甚至面临罚款等处罚。
特定条件允许
- 存在合法委托付款关系：如果合同主体之间存在明确的、合法的委托付款协议，那么在这种情况下，合同关联方打款，开票可以开给合同主体。委托付款协议应当详细说明委托付款的原因、金额、期限等关键信息，并且各方应当对该协议的真实性和合法性承担责任。
- 例如，A公司与B公司签订买卖合同，同时A公司出具书面委托书，委托其关联方C公司代为支付货款给B公司。在这种情况下，B公司可以根据委托付款协议，将发票开具给A公司。因为此时虽然资金是由C公司支付，但基于委托付款关系，实际的交易双方仍然是A公司和B公司，符合税务和财务合规的要求。不过，企业需要妥善保存委托付款协议等相关证明材料，以备税务机关查验。
- 集团内部资金调拨与统一结算：在一些企业集团内部，为了便于资金管理和结算，可能会采用集团内部资金调拨和统一结算的方式。如果合同主体属于同一企业集团，并且集团内部有完善的资金调拨和结算制度，能够清晰地证明资金的实际归属和交易关系，那么在这种情况下，合同关联方打款，开票也可以开给合同主体。
- 例如，某大型企业集团下有A、B两家子公司，A子公司与外部供应商C签订采购合同。集团为了统一管理资金，安排B子公司向C供应商支付货款。在这种情况下，如果集团能够提供内部资金调拨文件、结算说明等材料，证明该笔资金实际上是A子公司的采购款项，那么C供应商可以将发票开具给A子公司。但同样，企业需要确保相关的内部制度和文件符合法律法规的要求，并且能够经得起税务机关的审查。
在实际操作中，企业应当严格遵守税务和财务的相关规定，确保发票开具的合规性。如果对合同关联方打款和开票的问题存在疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供详细的法律建议。