结论前置：公司要求两次打卡，员工只打一次是否算旷工，不能一概而论，需结合公司规章制度、员工实际出勤情况及特殊原因等多方面因素综合判断。
公司规章制度的角度：
- 制度合法性：公司有权制定考勤管理制度，包括打卡次数和旷工处理规定。但这些规定必须合法、合理，且事先通过民主程序（如职工代表大会）讨论确定，同时向员工明确告知（如发放员工手册、组织培训）。若公司规章制度未明确告知员工或制定程序不合法，则不能作为处理员工的依据。
- 制度执行：若公司规章制度明确规定了两次打卡的要求，并且员工已知悉该规定，那么员工只打一次卡可能构成违反公司规章制度。但公司不能直接因此认定员工旷工，还需结合员工实际出勤情况和其他证据进行综合判断。
员工实际出勤情况的角度：
- 出勤证据：员工在面临旷工指控时，应提供实际出勤的证据，如同事证言、工作记录、电子邮件往来等，以证明自己的出勤情况。若员工能提供充分证据证明自己实际出勤，即使只打了一次卡，也不应被认定为旷工。
- 特殊情况处理：对于因不可抗力（如交通堵塞、设备故障等）或突发疾病等特殊原因导致的漏打卡，公司应给予理解和宽容，不宜直接按旷工处理。员工也应及时向公司说明情况并提供相关证据。
法律视角：
- 劳动者权益保护：根据劳动法，劳动者享有取得劳动报酬的权利，完成劳动任务即应获得相应报酬。因此，仅凭漏打卡记录不能直接剥夺劳动者的报酬权。公司应综合考量员工的工作表现和实际出勤情况，再作出是否旷工的认定。
- 考勤与实际情况：考勤打卡是记录出入时间的手段，但并非判断工作状况的唯一标准。公司不能仅凭打卡记录就认定员工旷工，而应结合员工的工作表现、实际出勤情况和其他证据进行综合判断。
建议与解决途径：
- 沟通协商：若员工认为公司处理不合理，首先应与人力资源部门或上级领导沟通，说明情况并提供证据，争取协商解决。在沟通过程中，员工应保持冷静和理性，以事实为依据，以法律为准绳，争取自己的合法权益。
- 法律维权：若沟通无果，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。在此过程中，保留好所有相关证据至关重要，如打卡记录、工作记录、同事证言等。
总结：公司要求两次打卡，员工只打一次是否算旷工，需结合公司规章制度、员工实际出勤情况及特殊原因等多方面因素综合判断。员工应了解自身权利和义务，积极与公司沟通并提供证据；公司也应秉持公平、合理的原则处理考勤问题，确保规章制度的合法性和执行力。若遇到相关问题，可直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。