结论：借条盖公章但钱打入个人帐号，是否要单位赔偿，不能一概而论，需根据具体情况判断单位是否应承担还款责任。以下从不同角度进行分析：

一、单位应承担还款责任的情况

1. 职务行为或表见代理：

   • 如果借款人是单位的法定代表人、负责人或工作人员，且其借款行为属于职务行为，或者相对方有理由相信其有权代表单位借款（即构成表见代理），那么单位应当承担还款责任。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，法定代表人以法人名义从事的民事活动，其法律后果由法人承受。同时，行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，相对人有理由相信行为人有代理权的，代理行为有效。
   • 举例：单位财务人员以单位名义借款，并加盖了单位公章，即使款项打入了个人账户，但相对方有理由相信该财务人员有权代表单位借款，此时单位应承担还款责任。

2. 单位实际使用借款：

   • 如果借款虽然打入了个人账户，但单位实际上是借款的使用人，且单位从借款中获得了利益，那么单位也应当承担还款责任。
   • 举例：单位负责人以个人名义借款，但借款实际用于单位经营，且单位从借款中获得了利益，此时单位应视为实际借款人，承担还款责任。

二、单位不承担还款责任的情况

1. 个人借款行为：

   • 如果借款人是个人，且其借款行为与单位无关，单位没有从借款中获得任何利益，那么单位不承担还款责任。
   • 举例：单位员工以个人名义借款，用于个人消费或投资，且单位对此毫不知情，也未从借款中获得任何利益，此时单位不承担还款责任。

2. 借款合同无效或可撤销：

   • 如果借款合同存在无效或可撤销的情形，如欺诈、胁迫等，且单位不是借款合同的当事人，那么单位也不承担还款责任。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。

三、法律建议

1. 收集证据：

   • 如果您是出借人，建议收集相关证据，如借条、转账记录、聊天记录等，以证明借款事实、借款用途以及单位与借款之间的关系。

2. 咨询专业律师：

   • 由于此类案件涉及复杂的法律关系和证据认定，建议您在发生纠纷时及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。当然，我就是专业律师，您有任何问题都可以直接向我咨询。

3. 注意诉讼时效：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，您应在诉讼时效期间内提起诉讼，以免丧失胜诉权。

综上所述，借条盖公章但钱打入个人帐号，是否要单位赔偿需根据具体情况判断。如果您面临此类纠纷，建议及时咨询专业律师并收集相关证据，以便更好地维护自己的合法权益。