针对您提出的问题“借条盖公章但钱打入合伙人账号，要单位赔偿吗”，首先我给出明确的结论：是否需要单位赔偿，取决于借款的实际用途以及借款时双方的约定。下面我将从几个方面详细分析这个问题：

1. 借款主体识别：

   • 借条上盖有单位公章，通常意味着借款行为是以单位名义进行的。
   • 然而，钱款实际打入合伙人账号，这可能引发对借款实际主体的质疑。

2. 借款用途分析：

   • 如果借款确实用于单位经营或单位明确认可的用途，即使钱款打入合伙人账号，单位仍应承担还款责任。
   • 如果借款被合伙人个人使用，且单位未从中受益或未明确认可该用途，那么单位可能不承担直接还款责任，但可能涉及对合伙人的内部追责。

3. 双方约定的重要性：

   • 借款时双方是否有明确约定借款的用途、还款方式及责任主体等，这些约定将直接影响责任的判定。
   • 如果借条或相关协议中明确规定了钱款打入合伙人账号的合理性及责任归属，应按照约定执行。

4. 法律后果与救济途径：

   • 若单位拒绝承担还款责任，出借人可以依据借条及相关证据向法院提起诉讼，要求单位或合伙人承担还款责任。
   • 法院将根据借款的实际用途、双方的约定及法律规定来判定责任主体及还款义务。

综上所述，是否需要单位赔偿并非一成不变，而是需要根据借款的实际用途、双方的约定以及法律规定来综合判断。如果您在此类问题上遇到困惑或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和支持。