结论前置：员工迟到扣交通补贴是否合法，需分情况讨论，具体如下：
若公司规章制度明确规定迟到扣交通补贴，且该制度经过民主程序制定并公示：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并将该规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 若公司规章制度满足上述条件，且明确规定了迟到扣交通补贴的具体情形和标准，那么公司扣除交通补贴的行为可能是合法的。但需注意，扣除的金额应合理，不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
若公司规章制度未明确规定迟到扣交通补贴，或该制度未经民主程序制定并公示：
- 在这种情况下，公司扣除交通补贴的行为可能缺乏法律依据，构成违法。因为交通补贴通常被视为劳动者工资的一部分，公司无权随意扣除。
- 若劳动者因此与公司发生争议，可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，要求公司返还被扣除的交通补贴。
若劳动合同中明确约定了迟到扣交通补贴的条款：
- 根据《劳动合同法》第三条，订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。若劳动合同中明确约定了迟到扣交通补贴的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么该条款对双方均具有约束力。
- 但同样需注意，扣除的金额应合理，不得违反上述关于工资扣除的限制性规定。
建议：
- 对于劳动者而言，若公司扣除交通补贴，应首先查看公司规章制度和劳动合同中是否有相关规定。若无相关规定或规定不合法，可以向公司提出异议，要求返还被扣除的交通补贴。若公司拒绝，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司而言，若希望实施迟到扣交通补贴的制度，应确保该制度经过民主程序制定并公示，且扣除的金额合理合法。同时，建议在劳动合同中明确约定相关条款，以避免争议。
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