针对“迟到员工怎么处理”这一问题，首先需要明确的是，公司在管理员工迟到行为时，应当遵循合法、合理和善意的原则。以下是对这一问题的详细解答：
一、合法性原则
规章制度合法：公司应制定合法、明确的考勤制度，并在员工入职时进行告知和培训。考勤制度中关于迟到的处理规定，应符合国家法律法规的要求，不能超出法律允许的范围。
扣款合法：根据《工资支付暂行规定》，公司可以扣除员工因迟到而未提供劳动时间对应的工资部分，但不得超出员工正常日薪的范围。超出部分属于违法扣除，员工有权拒绝并寻求法律援助。
二、合理性原则
扣款比例合理：公司制定的迟到扣款比例应当合理，不能过分加重员工的负担。例如，不能因为员工迟到一次就扣除其整天的工资或高额罚款。
考虑实际情况：在处理迟到员工时，公司应考虑员工的实际情况，如交通拥堵、突发疾病等不可抗力因素导致的迟到。对于这些情况，公司可以给予一定的宽容和理解。
三、善意性原则
沟通与教育：对于迟到的员工，公司应首先进行沟通和教育，了解其迟到的原因，并帮助其改进。通过沟通和教育，可以增强员工的纪律意识和责任感。
避免过度惩罚：公司应避免对迟到员工进行过度惩罚，如公开批评、降职降薪等。这些措施可能会伤害员工的自尊心和积极性，不利于公司的长期发展。
四、具体处理建议
根据考勤制度处理：公司应依据制定的考勤制度对迟到员工进行处理。如果员工迟到次数较少且情节轻微，可以给予口头警告或书面警告；如果迟到次数较多或情节严重，可以按照制度规定扣除相应工资或进行其他处理。
核算扣款金额：在扣除员工工资时，公司应准确核算扣款金额，确保扣款金额与员工迟到的时间相对应，并符合公司考勤制度的规定。
提供申诉渠道：公司应为员工提供申诉渠道，允许员工对迟到处理结果提出异议。如果员工认为处理结果不公正或存在错误，可以向公司提出申诉，公司应及时进行复核和处理。
五、案例参考
以您提供的案例为例，上海某医疗公司因员工迟到而扣除高额工资的做法被法院判定为违法。法院认为，公司虽然可以制定规章制度对迟到员工进行扣款处理，但扣款金额应合理且善意，不能超出员工正常日薪的范围。因此，公司应按照劳动者日工资扣发相应缺勤时间的工资，而不是扣除多倍工资。
综上所述，公司在处理迟到员工时，应遵循合法、合理和善意的原则，制定明确的考勤制度和处理流程，确保处理结果的公正性和合理性。同时，公司也应加强与员工的沟通和教育，提高员工的纪律意识和责任感，共同营造良好的工作氛围。