针对部门有员工迟到的情况，处理方式需要依据具体的考勤管理制度来执行，以下是一个详细且具有深度的处理方案：
一、明确迟到定义与考勤方式
首先，要明确迟到的具体定义。通常，迟到是指员工在规定的上班时间之后到达工作岗位。例如，可以设定上班时间15分钟后到岗签到者为迟到，30分钟以后到岗签到者则可能按旷工处理（当然，如有特殊情况，如交通堵塞、突发疾病等，员工应提前电话告知分管领导或科室负责人，以便灵活处理）。
考勤方式方面，可以采用电子签到系统（如考勤机、钉钉服务软件等）进行日常考勤，确保考勤数据的准确性和公正性。同时，考勤结果应定期公布，以便员工了解自己的考勤情况。
二、制定迟到处理措施
对于迟到的员工，可以采取以下处理措施：
初次迟到：对于初次迟到的员工，可以进行口头警告或提醒，强调遵守考勤制度的重要性，并鼓励其改正。
累计迟到：对于多次迟到的员工，可以根据迟到次数进行不同程度的处理。例如，迟到早退每月累计超过一定次数（如6次），可以责令当事人做出书面检讨；累计超过更多次数（如8次），则对当事人进行全局通报批评并进行诫勉谈话；累计达到更高次数（如10次以上），则可能报上级部门或相关机构处理相关人员。
严重迟到或旷工：对于严重迟到（如迟到时间过长）或旷工的员工，应按照考勤管理制度中的旷工处理规定执行。例如，旷工一天可能扣除年终奖金的一定比例，旷工连续超过一定天数或一年内累计旷工超过一定天数，则年度考核可能定为“不称职或不合格”等次，甚至可能面临辞退或解除聘用合同的风险。
三、加强考勤管理与监督
为了确保考勤制度的有效执行，还需要加强考勤管理与监督。具体措施包括：
明确责任分工：各分管领导和科室负责人要对本科室工作人员的考勤情况进行严格管理，确保员工遵守考勤制度。
定期公布考勤结果：考勤结果应定期公布，以便员工了解自己的考勤情况，并接受其他员工的监督。
建立反馈机制：鼓励员工对考勤制度提出意见和建议，以便及时调整和完善考勤管理制度。
四、注重员工沟通与激励
在处理迟到问题的同时，还应注重与员工的沟通和激励。对于因特殊原因迟到的员工，应给予理解和支持；对于表现优秀的员工，则应给予表彰和奖励，以激发员工的工作积极性和创造力。
综上所述，处理部门员工迟到问题需要依据具体的考勤管理制度来执行，并采取明确迟到定义、制定迟到处理措施、加强考勤管理与监督以及注重员工沟通与激励等综合措施来确保考勤制度的有效执行和员工的工作积极性。