员工迟到被发现后的处理方式，需要依据公司的规章制度以及相关法律法规来综合判断。以下是一些详细且深入的处理建议：
一、依据公司规章制度处理
查看规章制度：
- 首先，公司应明确其考勤管理制度，包括迟到的定义、迟到次数的累积标准、以及相应的处罚措施。这些制度应当经过合法程序制定，如职工代表大会讨论、公示告知等，以确保其合法性和有效性。
初步沟通：
- 当发现员工迟到后，公司应首先与员工进行初步沟通，了解迟到的原因。如果迟到是由于特殊情况（如突发疾病、家庭紧急事务等）导致的，公司可以考虑给予一定的理解和宽容。
根据规章制度执行处罚：
- 如果迟到行为违反了公司的规章制度，且没有合理的解释或特殊情况，公司应按照规章制度中的规定执行相应的处罚。这可能包括口头警告、书面警告、扣款、降职降薪，甚至在严重情况下解除劳动合同。
二、遵循法律法规原则
合理性与限度原则：
- 公司在处理迟到问题时，应遵循合理性和限度原则。即处罚措施应与迟到行为的严重程度相匹配，不应过度处罚或“以罚代管”。例如，对于偶尔迟到几分钟的员工，公司可以给予口头或书面警告，而不应直接解除劳动合同。
善意管理原则：
- 公司应秉持善意管理的原则，对员工的违纪行为进行区分严重程度分情形处理。在处罚的同时，也应考虑给予员工改正的机会和帮助，如提供培训、调整工作时间等。
经济赔偿的合法性：
- 如果公司因员工迟到而遭受了实际经济损失（如因迟到导致的业务延误、客户流失等），公司可以按照劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失。但扣除工资的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
三、具体处理步骤示例
记录迟到情况：
- 公司应详细记录员工的迟到情况，包括迟到的时间、次数、原因等，以便后续处理。
与员工沟通：
- 与员工进行面谈，了解迟到的原因，并告知其迟到行为违反了公司的规章制度。
根据情况执行处罚：
- 根据员工的迟到情况和公司的规章制度，执行相应的处罚措施。如给予口头警告、书面警告、扣款等。
持续关注与改进：
- 在执行处罚后，公司应持续关注员工的出勤情况，鼓励其改正迟到行为。同时，公司也可以考虑提供必要的帮助和支持，如调整工作时间、提供交通补贴等。
四、特殊情况处理
- 如果员工迟到是由于公司原因（如打卡系统故障、公司活动导致迟到等）导致的，公司应给予相应的理解和处理，不应将责任归咎于员工。
五、法律风险防范
- 公司在处理迟到问题时，应确保所有处理措施都符合相关法律法规的规定，避免引发劳动争议和法律风险。如需解除劳动合同，应确保有充分的证据和合理的理由，并按照法定程序进行。
综上所述，员工迟到被发现后的处理方式需要综合考虑公司的规章制度、法律法规原则以及员工的实际情况。公司应秉持合理、限度、善意的原则进行处理，以确保既维护了公司的规章制度，又尊重了员工的权益。