1. 核心结论：采购经理拿50万回扣属于严重的违法行为，企业应当立即采取措施，包括内部调查、固定证据、解除劳动合同，并及时向公安机关报案，追究其刑事责任。

2. 具体分析与建议：

   • 法律定性：采购经理利用职务便利收受回扣，数额高达50万，已涉嫌非国家工作人员受贿罪（《刑法》第163条）。根据司法解释，非国家工作人员受贿数额在6万元以上的即达到“数额较大”标准，应处三年以下有期徒刑或拘役；数额在100万元以上的属于“数额巨大”，处三年以上十年以下有期徒刑。50万回扣已远超立案标准，可能面临3-10年有期徒刑。
   • 企业应对措施：
     • 内部调查：企业应成立专项调查组，通过审计账目、核查合同、询问相关人员等方式，固定回扣事实的证据（如银行流水、聊天记录、证人证言等）。
     • 解除劳动合同：根据《劳动合同法》第39条，员工严重违反企业规章制度或涉嫌犯罪的，企业可单方解除劳动合同且无需支付经济补偿。企业应通过书面形式通知解除，并保留送达证据。
     • 刑事报案：企业应携带证据向公安机关经侦部门报案，由公安机关立案侦查。若企业未及时报案，可能被认定为对违法行为的纵容，甚至面临行政处罚或民事连带责任。
   • 民事赔偿与追赃：企业可同时提起刑事附带民事诉讼，要求采购经理返还非法所得（50万回扣）及赔偿企业损失（如因回扣导致的高价采购差额）。若回扣已转移至第三方，企业可尝试通过民事诉讼追偿，但需证明第三方明知或应知回扣性质。
   • 合规整改建议：企业应借此机会完善内控制度，例如建立采购审批分级授权机制、实行供应商轮换制度、加强员工廉洁培训等，避免类似事件再次发生。

3. 注意事项：

   • 调查过程中需注意程序合法性，避免侵犯员工隐私（如非法获取聊天记录）或使用暴力、威胁等手段取证，否则证据可能被排除。
   • 若采购经理主动退赃或认罪认罚，企业可与其协商签署《认罪认罚具结书》，但刑事责任仍需由司法机关依法判定，企业无权私下“和解”免除其刑罚。
   • 若企业高管或法定代表人参与回扣分配，可能构成共同犯罪，需一并追究责任。

如有进一步证据固定、报案材料准备或合规制度设计需求，可直接向我咨询具体操作方案。