结论：抵押贷款还不上本金协商还款时是否会有罚息，取决于贷款合同约定、协商结果以及金融机构的政策，具体分以下几种情况：

1. 贷款合同有明确约定罚息条款
   若贷款合同中明确约定了“逾期还款需支付罚息”（例如约定罚息为逾期本金的日万分之五），且协商还款时未对罚息条款进行修改或豁免，则即使协商还款，金融机构仍有权要求借款人支付罚息。此时，罚息的计算通常以逾期本金为基数，按合同约定的利率和期限计算。

2. 协商还款时金融机构同意减免罚息
   若借款人因经济困难无法按时还款，可主动与金融机构协商还款方案（如延长还款期限、分期还款等）。若金融机构同意减免部分或全部罚息，并签订书面补充协议（如《还款计划调整协议》），则后续还款中无需支付罚息。但需注意：

   • 协商结果需以书面形式确认，口头约定可能无法对抗合同条款；
     
   • 金融机构可能要求借款人提供经济困难证明（如失业证明、医疗证明等）作为减免依据。

3. 协商还款未涉及罚息条款
   若协商还款时仅调整了还款期限或方式（如将“按月还款”改为“按季还款”），但未明确提及罚息问题，则金融机构可能仍按原合同约定收取罚息。此时，借款人可要求金融机构补充说明罚息计算方式，或进一步协商减免。

建议：

• 立即与金融机构联系，说明还款困难原因，提出协商还款请求；
  
• 要求金融机构出具书面还款协议，明确是否减免罚息及具体还款计划；
  
• 若协商无果，可咨询专业律师，通过法律途径争取减免罚息或调整还款方案。
  

法律依据：
根据《民法典》第六百七十六条，借款人未按照约定的期限返还借款的，应当按照约定或者国家有关规定支付逾期利息。但若双方协商一致变更合同内容（如减免罚息），则以变更后的约定为准。