关于“公司协议永久离职后果”的问题，首先需要明确的是，“永久离职”这一表述并非法律术语，它可能指的是双方协商一致解除劳动合同，或者公司单方面解除劳动合同且劳动者不再寻求复职的情况。不过，不论具体情形如何，我们可以从几个关键角度来分析可能的后果：
经济补偿或赔偿：
- 协商一致解除：如果双方是协商一致解除劳动合同，那么根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，公司通常需要按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付经济补偿。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
- 公司单方面解除且违法：如果公司单方面解除劳动合同，且解除行为被认定为违法（如劳动者在医疗期内、孕期、产期、哺乳期内，或公司未按照法定程序进行解除等），那么根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十七条，公司需要按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
离职证明与档案转移：
- 无论何种原因离职，公司都有义务为劳动者出具离职证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。这是公司的法定义务，如果公司不履行，劳动者可以向劳动行政部门投诉。
竞业限制与保密义务：
- 如果劳动者与公司之间签订了竞业限制协议或保密协议，那么在离职后，劳动者需要遵守这些协议中的约定，否则可能需要承担违约责任。竞业限制期限通常不得超过二年，且公司需要在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。
未结清的工资与福利：
- 劳动者在离职时，公司应当结清所有未支付的工资、奖金、津贴等劳动报酬，以及未享受的福利待遇（如未休的年假补偿等）。如果公司未结清，劳动者有权要求公司支付。
可能的法律纠纷：
- 如果双方对离职后的经济补偿、赔偿、竞业限制等事项存在争议，可能会引发劳动纠纷。在这种情况下，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
针对你的具体情况，我建议：
- 首先，仔细审查你与公司签订的劳动合同以及任何相关的协议（如竞业限制协议、保密协议等），了解你的权利和义务。
- 其次，与公司进行沟通，明确离职的具体原因、经济补偿或赔偿的数额以及离职后的相关安排。
- 如果双方无法达成一致，或者你认为公司的行为违法了相关法律法规，你可以考虑向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
最后，需要强调的是，每个劳动纠纷案件都有其独特的事实和法律背景，因此上述分析仅供参考。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。