结论：母亲是否有合法居住权，需根据建房出资的性质、房屋产权归属以及是否有相关约定来综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 若房屋产权归儿子所有，且母亲出资为赠与性质：

   • 法律背景：根据《民法典》中关于赠与合同的规定，赠与合同是赠与人将自己的财产无偿给予受赠人，受赠人表示接受赠与的合同。若母亲明确表示将出资赠与儿子用于建房，且房屋产权登记在儿子名下，则房屋归儿子所有。
   • 居住权分析：在此情况下，母亲作为赠与人，除非与儿子另有约定居住权，否则一般不享有房屋的居住权。居住权通常需要通过书面合同设立，并依法登记才具有法律效力。

2. 若房屋产权归儿子所有，但母亲出资为借款性质：

   • 法律背景：若母亲出资时明确表示为借款，且儿子同意并出具了借条等借款凭证，则母亲与儿子之间形成了借贷关系。
   • 居住权分析：借贷关系本身并不直接赋予母亲居住权。母亲若想获得居住权，仍需与儿子另行协商并签订居住权合同，依法进行登记。

3. 若房屋产权未明确归属，或存在其他特殊情况：

   • 法律背景：在实际生活中，可能存在房屋产权未明确登记、或建房过程中涉及多方出资等复杂情况。
   • 居住权分析：在此情况下，母亲是否有居住权需根据具体事实和相关法律规定进行综合判断。例如，若母亲出资较多且对房屋建设有重大贡献，可能在一定程度上享有居住权益；但若产权已明确归属儿子，且无其他约定，则母亲的居住权可能难以得到法律保障。

法律建议：

• 明确产权归属：首先，应明确房屋的产权归属。若房屋产权归儿子所有，且母亲出资为赠与性质，则母亲一般不享有居住权；若出资为借款性质，则需通过借贷关系来处理。
• 签订居住权合同：若母亲希望获得居住权，应与儿子签订书面居住权合同，并依法进行登记。居住权合同应明确居住权的期限、条件、方式等具体内容。
• 保留相关证据：无论出资性质如何，母亲都应保留好相关证据，如出资凭证、借款凭证、居住权合同等，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 若母亲未与儿子签订居住权合同且未依法登记，则可能无法获得法律上的居住权保障。
• 若母亲与儿子之间因居住权问题发生纠纷，可能需要通过诉讼等法律途径来解决。在诉讼过程中，法院将根据具体事实和相关法律规定进行判决。

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