结论：父亲不同意儿子回来住其房子是否合法，需根据具体情况判断，主要取决于父亲对房屋的处分权以及儿子居住行为的性质。以下从不同角度进行分析：
一、房屋所有权与处分权
房屋所有权归属：
- 若房屋为父亲个人所有，父亲对房屋享有完整的处分权，包括决定是否允许他人居住。在此情况下，如果父亲不同意儿子居住，从法律层面讲，父亲的行为是合法的。
房屋存在共有情况：
- 若房屋为父亲与他人共有（如与前妻共有），则父亲对房屋的处分权受到限制。在未经其他共有人同意的情况下，父亲单方面拒绝儿子居住可能构成对共有权的侵犯，但这一行为本身并不直接决定儿子居住的合法性，而是可能引发共有权纠纷。不过，就父亲个人而言，其拒绝行为在共有权框架内可能被视为不恰当，但并不直接等同于违法。
二、儿子居住行为的性质
基于抚养关系的居住：
- 如果儿子未成年或虽已成年但因特殊原因（如残疾、疾病等）无法独立生活，且父亲有抚养义务，那么儿子要求居住在父亲房屋内可能被视为基于抚养关系的合理需求。在此情况下，父亲拒绝可能违反抚养义务，但这一判断需结合具体抚养情况和法律规定进行。
一般居住行为：
- 如果儿子已成年且具备独立生活能力，其要求居住在父亲房屋内通常被视为一般居住行为。此时，父亲有权根据自己的意愿决定是否允许儿子居住。如果父亲不同意，儿子无权强行居住，否则可能构成对父亲房屋所有权的侵犯。
三、法律建议与后续行动
沟通协商：
- 建议父亲与儿子进行充分沟通，了解儿子的居住需求和原因，并尝试达成共识。如果儿子有合理的居住需求，父亲可以考虑在适当条件下允许儿子居住。
法律途径：
- 如果双方无法达成共识，且儿子认为父亲的拒绝行为侵犯了其合法权益（如基于抚养关系的居住权），儿子可以通过法律途径寻求救济。例如，向法院提起诉讼，要求确认其居住权或要求父亲履行抚养义务等。
注意证据收集：
- 在处理此类纠纷时，双方都应注意收集相关证据，如房屋所有权证明、抚养关系证明、沟通记录等，以便在需要时支持自己的主张。
总结：父亲不同意儿子回来住其房子是否合法，需根据房屋所有权归属、儿子居住行为的性质以及双方的具体情况来判断。在处理此类纠纷时，建议双方先进行沟通协商，如果无法达成共识，再考虑通过法律途径解决。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。