结论是：父亲不让儿子住自己的房子，在一般情况下是合法的，但具体还需根据房屋产权归属、家庭关系及是否存在特殊约定等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、房屋产权归属角度

1. 房屋属于父亲个人财产：

   • 如果房屋是父亲在婚前购买，或者婚后通过继承、赠与等方式明确只归父亲个人所有，那么父亲作为房屋的所有权人，有权决定房屋的使用和居住情况。在这种情况下，父亲不让儿子住自己的房子，是合法的。

2. 房屋属于家庭共有财产：

   • 如果房屋是家庭共有财产，比如婚后共同购买，且没有明确约定各自份额，那么儿子作为家庭成员之一，对房屋享有相应的居住权。此时，父亲单方面不让儿子住，可能涉及侵犯儿子的居住权益，需要具体分析家庭共有财产的分割和居住权安排。

二、家庭关系及特殊约定角度

1. 家庭关系：

   • 在家庭关系中，虽然父母对子女有抚养义务，但这并不意味着子女有权无条件地居住在父母的房屋中。抚养义务主要涉及经济支持、生活照料等方面，而不直接等同于居住权的赋予。因此，除非有特殊约定或法律另有规定，父亲不让儿子住自己的房子，并不违反抚养义务。

2. 特殊约定：

   • 如果家庭成员之间存在特殊约定，比如父母与子女之间签订了关于房屋居住权的协议，那么该协议对双方具有约束力。在这种情况下，父亲是否让儿子住房子，需要遵循协议的约定。如果协议中明确规定了儿子的居住权，父亲不让儿子住则可能构成违约。

三、法律建议及可能后果

1. 法律建议：

   • 如果儿子认为自己的居住权益受到侵犯，可以尝试与父亲进行沟通协商，寻求和解。如果沟通无果，儿子可以考虑咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的救济途径。
   • 对于父亲而言，如果希望避免家庭纠纷，可以在房屋产权归属、居住权安排等方面与家庭成员进行明确约定，并签订书面协议。这样可以在一定程度上减少因房屋居住问题引发的家庭矛盾。

2. 可能后果：

   • 如果儿子未经父亲同意擅自入住房屋，可能构成侵权行为，父亲有权要求儿子搬离并可能追究其法律责任。
   • 如果父亲无正当理由拒绝让儿子居住在共有房屋中，且该行为严重影响了儿子的正常生活，儿子可能可以通过法律途径维护自己的居住权益。但具体能否成功维权，还需根据案件具体情况和法律规定进行判断。

最后需要强调的是，家庭关系中的房屋居住问题往往涉及复杂的情感和法律因素。在处理这类问题时，建议家庭成员之间保持冷静和理性，通过沟通协商寻求解决方案。如果无法自行解决，可以寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。