机关事业单位收到虚开发票，应当立即停止使用该发票，并按照以下步骤处理：

1. 内部核查与确认：

   • 首先，机关事业单位应组织财务、审计等相关部门对收到的发票进行仔细核查，确认其是否为虚开发票。这包括核对发票的开具单位、发票内容、金额、税号等信息是否与实际交易相符，以及通过税务部门官方网站等渠道验证发票的真伪。

2. 与开票方沟通：

   • 一旦确认发票为虚开，应立即与开票方取得联系，要求其说明情况并重新开具合法有效的发票。如果开票方拒绝配合或无法联系，机关事业单位应保留好相关证据，如沟通记录、发票复印件等，以备后续处理。

3. 向税务机关报告：

   • 机关事业单位应按照税收法律法规的规定，及时向当地税务机关报告收到虚开发票的情况。税务机关将对此进行调查，并根据调查结果依法处理。在报告时，应提供详细的发票信息、交易情况以及与开票方的沟通记录等证据。

4. 调整账务与税务处理：

   • 在税务机关的指导下，机关事业单位应对涉及虚开发票的账务进行调整，确保账务处理的准确性和合法性。同时，根据税务机关的要求，补缴因虚开发票而可能产生的税款、滞纳金等费用。

5. 加强内部控制与风险管理：

   • 机关事业单位应借此机会加强内部控制，完善发票管理制度，提高财务人员的风险意识和识别能力。通过定期培训、建立发票审核机制等方式，降低收到虚开发票的风险。

6. 法律责任与后果：

   • 需要注意的是，如果机关事业单位明知是虚开发票而仍然使用，或者未按照规定向税务机关报告，可能会面临税务机关的处罚，包括罚款、没收违法所得等。在严重情况下，还可能涉及刑事责任。因此，机关事业单位必须高度重视虚开发票的处理问题，确保合规操作。

在处理过程中，机关事业单位应确保所有操作都符合税收法律法规的规定，并保留好相关证据以备查证。如果对具体处理流程或法律责任有疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律解答和建议。