冻结被告公司资金超过合同金额是否合法，需分情况讨论：

1. 一般情况下，冻结金额应与争议标的额相当

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，法院在采取保全措施时，应当限于请求的范围，或者与本案有关的财物。这意味着，在合同纠纷中，如果原告申请冻结被告公司的资金，冻结的金额通常应当与合同争议的标的额相当，即与合同金额、违约金、损害赔偿等总和相匹配。若冻结金额明显超过合同金额，且没有合理依据，可能被视为超标的额保全，这是不合法的。

1. 特殊情况下，冻结金额可能超过合同金额

   • 存在多个债权或担保物权：如果被告公司涉及多个债权或担保物权，且这些债权或担保物权的总额超过了合同金额，那么冻结的金额可能会相应增加，以覆盖所有可能的债权。但这种情况下，法院会严格审查冻结的必要性和合理性，确保不会过度侵害被告公司的合法权益。
   • 原告提供充分担保：在某些情况下，如果原告能够提供充分的担保，证明冻结超过合同金额的资金是必要的，且不会给被告公司造成不必要的损失，法院可能会考虑批准这样的保全申请。但这种情况较为罕见，且需要严格的审查程序。
   • 被告公司存在转移、隐匿财产的风险：如果法院认为被告公司存在转移、隐匿财产的风险，且这种风险可能导致判决无法执行，那么法院可能会采取更为严格的保全措施，包括冻结超过合同金额的资金。但这种情况下，法院同样会谨慎行事，确保保全措施的合法性和合理性。

2. 超标的额保全的法律后果

   • 被告公司可申请复议：如果被告公司认为冻结金额超过了合同金额且没有合理依据，可以向法院申请复议，要求解除或变更保全措施。
   • 原告可能承担赔偿责任：如果因超标的额保全给被告公司造成了损失，被告公司有权要求原告承担赔偿责任。这包括因资金冻结导致的利息损失、经营损失等。
   • 法院可能受到监督：超标的额保全也可能引发对法院执行行为的监督。如果法院在保全过程中存在违法行为或不当行为，上级法院或相关监督机构有权进行纠正。

建议：

• 对于原告：在申请保全措施时，应确保冻结金额与争议标的额相当，避免超标的额保全。如果确实需要冻结超过合同金额的资金，应提供充分的证据和理由，并考虑提供担保以降低风险。
• 对于被告：如果发现冻结金额超过了合同金额且没有合理依据，应及时向法院申请复议，并保留好相关证据以维护自身权益。

如有任何进一步的问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。