当部门规章和地方性法规发生冲突时，应首先判断两者的法律地位和效力层级，并依据《中华人民共和国立法法》的相关规定进行处理，确保法律的正确适用和统一实施。具体处理方式如下：
一、法律地位与效力层级判断
- 部门规章：由国务院所属部门制定，在全国范围内具有普遍约束力，主要体现全国性行政管理的统一性和协调性。
- 地方性法规：由地方人大或其常委会根据本地实际情况制定，仅在本行政区域内有效，更能反映本地的实际需求和特殊情况，具有较强的地域性。
二、具体处理规则
交由国务院提出意见：
- 根据《立法法》，当地方性法规与部门规章对同一事项的规定不一致时，由国务院提出意见。
- 如果国务院认为应当适用地方性法规，则决定在该地方适用地方性法规；如果国务院认为应当适用部门规章，则应提请全国人民代表大会常务委员会裁决。
上位法优于下位法：
- 在我国法律体系中，法律的效力高于行政法规、地方性法规、规章。因此，如果部门规章是依据法律或行政法规制定的，而地方性法规与之冲突，原则上应优先适用部门规章。
- 但需注意，地方性法规若基于本地特殊情况或实际需要且不违背上位法基本原则作出的特别规定，在本地范围内有效。例如，某地方性法规针对本地特有的环境问题制定了更严格的环保标准，这一标准在本地范围内应优先于部门规章中的一般性环保标准。
新法优于旧法：
- 对于同一机关就同一事项在不同时间制定的法规，新制定的法规将取代旧的法规。例如，如果部门规章和地方性法规都涉及某一行业的准入条件，但部门规章是后来制定的，且对准入条件进行了修改，那么应优先适用新的部门规章。
特别法优于一般法：
- 针对同一事项但内容有所不同的特别法和一般法，特别法的规定将优先于一般法。例如，如果部门规章对某一类企业的设立条件作出了一般性规定，而地方性法规针对其中特定行业的企业设立条件作出了更具体的特别规定，则在涉及该特定行业企业设立的具体案件中，应优先适用地方性法规中的特别规定。
三、协商解决与裁决机制
- 在实际操作中，若出现无法直接判断哪个法规应优先适用的情况，或双方对法规适用存在争议，可通过协商、请示上级机关或提请有关机关进行裁决等方式解决。这包括国务院的裁决以及全国人民代表大会常务委员会的最终裁决。
四、实际应用中的注意事项
- 在处理具体案件时，应结合案件事实和法律条文的具体规定进行全面分析和判断。首先明确部门规章和地方性法规的法律地位和效力层级，然后依据上述处理规则进行逐一比对和分析，最终确定应适用的法律规范。
- 相关部门在制定和修改法规、规章时，应充分考虑与其他相关法律法规的协调性和一致性，以确保法律体系的统一性和稳定性。
示例说明：
假设某部门规章规定某类企业的注册资本不得低于100万元，而某地方性法规针对本地该类企业规定注册资本不得低于50万元。若该企业拟在本地设立，且符合地方性法规的其他条件，那么根据“地方性法规优先原则（特定情况）”，该企业应适用地方性法规的规定，即注册资本不得低于50万元。但若该部门规章是基于上位法的授权或基本原则制定的，且地方性法规与之存在明显冲突，那么可能需要通过国务院提出意见或提请全国人民代表大会常务委员会裁决来确定最终适用的法规。
总结与建议：
处理部门规章和地方性法规的冲突是一个复杂而细致的过程，需要综合运用法律知识、法律原则和裁决机制来确保法律的正确适用。若您在实际操作中遇到此类问题，建议详细分析法规内容、法律地位和效力层级，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。