通过客情为乙方打通关系、达成项目协议并形成回扣的行为，是违法的，可能涉及商业贿赂和不正当竞争，甚至可能触犯刑法中的行贿罪或受贿罪。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律定性
商业贿赂：
- 根据《中华人民共和国反不正当竞争法》第七条，经营者不得采用财物或者其他手段贿赂下列单位或者个人，以谋取交易机会或者竞争优势：
- （一）交易相对方的工作人员；
- （二）受交易相对方委托办理相关事务的单位或者个人；
- （三）利用职权或者影响力影响交易的单位或者个人。
- 在此情况下，通过客情为乙方打通关系并给予回扣，显然属于采用财物手段贿赂相关人员，以谋取项目协议这一交易机会，构成商业贿赂。
不正当竞争：
- 商业贿赂行为破坏了市场的公平竞争环境，使得其他诚信经营者处于不利地位。因此，该行为也违反了《中华人民共和国反不正当竞争法》关于公平竞争的原则。
刑事犯罪：
- 如果回扣的数额较大或者情节严重，该行为还可能触犯《中华人民共和国刑法》中的行贿罪或受贿罪。行贿罪是指为谋取不正当利益，给予国家工作人员以财物的行为；受贿罪则是指国家工作人员利用职务上的便利，索取他人财物，或者非法收受他人财物，为他人谋取利益的行为。虽然此处可能不直接涉及国家工作人员，但若涉及公司、企业或其他单位的工作人员利用职务之便收受回扣，同样可能构成非国家工作人员受贿罪。
二、法律后果
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国反不正当竞争法》第十九条，经营者违反本法第七条规定贿赂他人的，由监督检查部门没收违法所得，处十万元以上三百万元以下的罚款。情节严重的，吊销营业执照。
刑事责任：
- 如构成行贿罪或受贿罪，将依法追究刑事责任，可能面临有期徒刑、拘役或罚金等刑罚。
民事赔偿：
- 因商业贿赂行为给其他经营者造成损失的，还应依法承担民事赔偿责任。
三、建议与风险提示
避免违法行为：
- 企业和个人应严格遵守法律法规，避免采用任何形式的贿赂手段来谋取交易机会或竞争优势。
完善内部管理：
- 企业应建立健全内部管理制度，加强对员工的教育和培训，防止员工利用职务之便进行商业贿赂行为。
积极应对调查：
- 如果面临相关部门的调查或指控，应积极配合调查工作，如实说明情况，并寻求专业法律帮助以维护自身合法权益。
综上所述，通过客情为乙方打通关系、达成项目协议并形成回扣的行为是违法的，并可能带来严重的法律后果。因此，建议企业和个人严格遵守法律法规，诚信经营，避免涉及任何形式的商业贿赂行为。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。