结论：公交公司因驾驶员未遵守公司内部规定的车速而扣钱的行为，其合法性需分情况讨论，主要取决于公司规定是否合法合理以及扣钱行为是否符合相关法律法规。
分析：
公司内部规定的合法性：
- 公交公司作为用人单位，有权根据运营安全、效率等需要制定内部规章制度，包括车速限制等。但这些规定必须符合国家法律法规，不得与法律法规相抵触。
- 如果公交公司规定的车速低于或等于《道路交通安全法》等法律法规规定的限速，那么该规定是合法有效的。驾驶员有义务遵守。
- 如果公交公司规定的车速高于法律法规规定的限速，那么该规定是违法的，驾驶员有权拒绝遵守，且不应因此受到处罚。
扣钱行为的合法性：
- 即使公交公司的车速规定是合法的，扣钱行为也必须符合相关法律法规。根据《劳动法》、《劳动合同法》等规定，用人单位不得随意扣除劳动者工资，除非有明确的法律依据或合同约定。
- 如果公交公司与驾驶员在劳动合同中明确约定了违反车速规定的处罚措施，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公交公司可以按照约定进行处罚。但处罚应当合理，不得过分高于实际损失或违反公平原则。
- 如果劳动合同中没有相关约定，或者约定不明确，公交公司单方面扣钱可能构成违法行为，驾驶员有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
实际操作建议：
- 驾驶员应首先了解公交公司的车速规定是否合法，即是否低于或等于法律法规规定的限速。
- 如果认为公司规定违法或扣钱行为不合理，驾驶员可以与公司进行沟通协商，要求公司说明扣钱的依据和合理性。
- 如果沟通无果，驾驶员可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
举例：
假设某公交公司规定，在市区道路上行驶的车速不得超过40公里/小时，而《道路交通安全法》规定该路段限速为50公里/小时。此时，公交公司的规定低于法律法规规定的限速，是合法有效的。如果驾驶员违反该规定被扣钱，且劳动合同中有相关约定，那么扣钱行为可能是合法的。但如果公交公司规定的车速高于50公里/小时，或者劳动合同中没有相关约定而公司单方面扣钱，那么驾驶员有权提出异议并维护自己的权益。
进一步思考：
在实际操作中，公交公司的车速规定往往是为了保障运营安全和乘客安全而制定的。驾驶员作为公交公司的员工，有义务遵守这些规定。但同时，公交公司也应确保规定的合法性和合理性，避免过度处罚或侵犯员工权益。如果双方发生争议，应通过合法途径解决，如沟通协商、投诉或申请劳动仲裁等。
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