结论：关于“施工中发生事故全部责任由乙方自行承担”这一条款的合法性，不能一概而论，需结合具体情况分析。一般情况下，若该条款不违反法律法规的强制性规定，且双方意思表示真实，则条款合法有效；但若存在免除一方责任、加重对方责任、排除对方主要权利等情形，则可能被认定为无效条款。以下是对此问题的详细分析：
一、条款合法性的判断依据
法律法规的强制性规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同中的条款不得违反法律、行政法规的强制性规定，否则该条款无效。在建设工程领域，涉及安全生产、劳动保护等方面的法律法规对事故责任有明确规定的，合同中的相关条款必须与之相符，否则可能被认定为无效。
双方意思表示的真实性：
- 合同是双方意思表示一致的产物。如果“施工中发生事故全部责任由乙方自行承担”这一条款是双方在平等、自愿、公平的基础上协商确定的，且没有欺诈、胁迫等情形，那么该条款通常是合法有效的。
条款的公平性：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十七条，提供格式条款一方不合理地免除或者减轻其责任、加重对方责任、限制对方主要权利，或排除对方主要权利的，该格式条款无效。如果“施工中发生事故全部责任由乙方自行承担”这一条款被认定为格式条款，且存在上述不公平情形，那么该条款可能被认定为无效。
二、条款可能存在的问题及修改建议
问题：
- 条款可能过于绝对，忽略了甲方在安全管理、提供安全条件等方面的责任。
- 条款可能违反法律法规的强制性规定，如未考虑工伤保险、安全生产责任保险等法定要求。
修改建议：
- 明确双方责任：可以修改为“施工中发生事故，双方应根据各自过错承担相应责任。乙方应严格遵守安全生产规定，确保施工安全；甲方应提供必要的安全条件和监督，确保乙方能够安全施工。”
- 考虑法定要求：可以加入“双方应依法参加工伤保险，为施工人员提供必要的保险保障。如发生事故，应按照相关法律法规和保险合同的规定处理。”
- 增加协商机制：可以约定“如发生事故，双方应积极协商处理，根据事故原因和责任划分，共同承担相应责任。如协商不成，可依法向有关部门申请调解或向人民法院提起诉讼。”
三、实际操作中的注意事项
合同审查：
- 在签订建设工程合同时，双方应仔细审查合同条款，确保条款合法、公平、合理。特别是涉及事故责任、安全保障等方面的条款，应咨询专业律师或相关部门的意见。
安全管理：
- 无论合同条款如何约定，双方都应重视施工安全管理，采取必要的安全措施，确保施工人员的生命安全和身体健康。
争议解决：
- 如发生事故或争议，双方应首先通过协商解决。如协商不成，可依法向有关部门申请调解或向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，合同条款的合法性、公平性等将成为法院审理的重要依据。
最后，如果你在建设工程领域遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律意见。