结论：公司员工上交违规款后，是否还追究责任，这取决于违规行为的性质、严重程度以及公司的相关规定。一般来说，上交违规款并不意味着自动免除所有责任，但可能作为减轻处罚的一个因素。

分析：

1. 违规行为的性质与严重程度：

   • 如果员工的违规行为轻微，且未对公司造成实质性损害，上交违规款后，公司可能会考虑不再进一步追究责任，尤其是当公司有明确的内部规章制度规定此类情况时。
   • 如果违规行为严重，如涉及贪污、挪用资金、泄露商业秘密等，即使员工上交了违规款，公司仍可能根据法律法规和内部规定，追究其法律责任，包括但不限于民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。

2. 公司的相关规定：

   • 公司应制定明确的规章制度，规定员工违规行为的处理方式和程序。这些规定应包括违规行为的定义、分类、处罚措施以及上交违规款后的处理原则等。
   • 如果公司规章制度中明确规定，上交违规款后可以免除或减轻某些责任，那么员工在符合条件的情况下，可以依据这些规定来主张自己的权益。

3. 法律后果与责任追究：

   • 从法律角度来看，上交违规款是员工承认错误并尝试弥补损失的一种表现，但这并不等同于免除法律责任。法律责任的追究取决于违规行为的性质、后果以及相关法律法规的规定。
   • 在某些情况下，即使员工上交了违规款，如果其行为已构成犯罪，公司仍应依法向司法机关报案，由司法机关依法追究其刑事责任。

建议：

• 对于员工：如果发现自己有违规行为，应尽快向公司坦白并上交违规款，同时积极配合公司的调查和处理工作。如果可能的话，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以了解自己的权益和可能面临的法律责任。
• 对于公司：应建立健全的规章制度，明确违规行为的处理方式和程序。在处理员工违规行为时，应坚持公平、公正、公开的原则，确保处理结果的合法性和合理性。同时，公司也应加强对员工的法律教育和培训，提高员工的法律意识和合规意识。

特殊情况：

• 如果员工上交的违规款并非其全部所得，或者存在其他隐瞒、欺骗等行为，公司可能会认为其缺乏诚意，从而继续追究其责任。
• 如果公司规章制度中未明确规定上交违规款后的处理原则，或者规定存在模糊之处，公司应根据实际情况和法律法规的要求，合理、公正地处理员工违规行为。

总之，公司员工上交违规款后是否还追究责任，需要综合考虑多种因素。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。