面对公司跨市搬迁而大部分员工选择不去的情况，这确实是一个涉及劳动合同变更、员工权益保障以及企业运营调整的复杂问题。以下是我为您详细梳理的应对策略和建议：
一、法律框架与依据
首先，要明确的是，公司跨市搬迁属于劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，若因此导致劳动合同无法继续履行，且双方未能就变更劳动合同内容（如调整工作地点）达成一致，公司在解除劳动合同时，应向员工支付经济补偿。
二、处理流程与策略
提前沟通与协商：
- 公司应至少提前30天书面告知员工搬迁计划，包括搬迁原因、新地址、预计的补偿方案等。
- 组织座谈会或一对一沟通，倾听员工的诉求和担忧，针对交通补贴、住宿安排、家庭因素等提出合理的解决方案。
- 对于核心岗位或关键员工，可以考虑提供远程办公、岗位调动至其他分公司等灵活的工作安排。
提供经济补偿与激励：
- 对于不愿随迁的员工，公司应按照《劳动合同法》的规定支付经济补偿，补偿标准通常为员工在本单位工作的年限乘以月工资（月工资为劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资）。
- 除了经济补偿外，公司还可以考虑提供搬家费用报销、临时住房补贴、通勤班车等过渡性支持，以减轻员工的负担。
- 对于同意搬迁的员工，可以给予一次性奖金、薪资提升或晋升机会等激励措施。
解除劳动关系：
- 如果员工拒绝协商且无法达成一致，公司可以与员工签订解除劳动合同的协议，明确离职日期、补偿金额、社保转移等事项。
- 在解除劳动关系时，公司应确保程序合法，出具书面通知并注明依据条款，通过EMS或当面签收确认送达。
三、风险防控与注意事项
证据留存：
- 公司应保存搬迁通知、沟通记录、员工反馈等材料，以备在发生纠纷时举证。
- 对于员工的旷工、违纪等行为，公司也应及时记录并保存相关证据。
特殊群体保护：
- 对于三期女职工、医疗期员工等特殊群体，公司应优先协商调整岗位或工作地点，不得随意解除合同。
- 如果确实需要解除合同，应确保符合相关法律法规的规定，并支付相应的经济补偿。
长期规划与调整：
- 公司可以将搬迁作为优化人力资源结构的契机，淘汰低效岗位，吸引适应新环境的员工。
- 同时，公司也应考虑新地点的市场环境、人才储备等因素，制定长期的人力资源规划。
四、建议与总结
面对公司跨市搬迁的情况，我建议公司优先通过协商的方式解决员工不愿随迁的问题。通过提供合理的经济补偿、过渡性支持和激励措施，可以降低员工的抵触情绪，保留核心人才。同时，公司也应确保解除劳动关系的程序合法合规，避免违法解除的风险。最后，公司应将搬迁作为优化人力资源结构的契机，制定长期的人力资源规划，以适应新环境下的市场需求。