您好，关于您提出的事业单位签订工作协议书是否合法的问题，我可以为您详细解答。

首先，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，该法明确适用于中华人民共和国境内的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织与劳动者建立劳动关系的情况。同时，该法也特别指出，国家机关、事业单位、社会团体和与其建立劳动关系的劳动者，在订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同时，同样需要依照本法执行。

进一步地，从新华网的相关报道中我们可以了解到，为了解决事业单位聘用合同人员的权益保护和争议处理的法律依据问题，劳动合同法草案已经明确将事业单位聘用合同纳入了调整范围。这意味着，除公务员和参照公务员法管理的工作人员外，事业单位与劳动者签订的聘用合同（或您所称的工作协议书），其订立、履行、变更、解除和终止等各个环节，都需要依照劳动合同法的相关规定来执行。

因此，从法律层面来讲，事业单位与劳动者签订工作协议书是合法的，但前提是这份协议书必须符合劳动合同法的相关规定，包括但不限于协议的订立应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则，协议内容应当明确双方的权利和义务，以及协议的变更、解除和终止等也应当依照法律规定的程序进行。

综上所述，事业单位与劳动者签订工作协议书是合法的，但必须确保协议内容合法、合规，并充分保障劳动者的合法权益。如果您在签订或履行工作协议书过程中遇到任何问题或疑问，建议及时咨询专业的法律人士或相关部门以获取更具体的指导和帮助。