如果法院起诉包工头但他却不承认相关事实，你可以从以下几个角度来应对和处理：

1. 收集并固定证据：

   • 在建设工程领域，证据是至关重要的。你需要收集所有与包工头之间的合同、协议、往来邮件、短信、通话记录、现场照片或视频等，这些都能作为证明你主张的有力证据。
   • 特别是要确保有书面合同或协议，因为这是最直接、最有力的证据。如果合同或协议中明确约定了双方的权利和义务，那么包工头的否认将很难成立。
   • 如果可能的话，还可以寻找目击证人或第三方机构出具的证明文件，以进一步增强证据的效力。

2. 利用法律程序进行质证和辩论：

   • 在法院审理过程中，你会有机会对包工头的否认进行质证和辩论。你可以利用收集到的证据，逐一反驳包工头的否认，并阐述你的主张和理由。
   • 法院会根据双方提供的证据和辩论情况，进行综合判断，并作出公正的裁决。因此，你需要充分准备，确保在质证和辩论过程中能够有力地维护自己的权益。

3. 申请法院调查取证：

   • 如果你发现自己无法收集到某些关键证据，或者包工头故意隐藏、销毁证据，你可以向法院申请调查取证。
   • 法院有权根据案件需要，对相关证据进行调查和收集。这有助于你获取更多有力的证据，以支持你的主张。

4. 考虑申请鉴定或评估：

   • 在建设工程纠纷中，有时需要对工程质量、工程量、造价等进行鉴定或评估。你可以向法院提出申请，由专业的鉴定机构或评估机构进行鉴定或评估。
   • 鉴定或评估结果将作为法院裁决的重要依据，有助于你更准确地证明自己的主张。

5. 关注诉讼时效和举证责任：

   • 你需要确保你的起诉没有超过诉讼时效，否则法院将不予受理。同时，你也要了解举证责任的规定，确保自己能够承担起相应的举证责任。
   • 在建设工程纠纷中，通常是谁主张谁举证。因此，你需要积极收集证据，以支持自己的主张。

在处理此类纠纷时，你还需要注意以下几点：

• 保持冷静和理性：面对包工头的否认和可能的法律纠纷，你需要保持冷静和理性，不要被情绪左右。只有冷静分析问题，才能找到最佳的解决方案。
• 及时咨询专业律师：如果你对法律程序或证据收集等方面存在疑问或困惑，建议及时咨询专业律师。律师能够为你提供专业的法律建议和指导，帮助你更好地维护自己的权益。
• 积极配合法院工作：在法院审理过程中，你需要积极配合法院的工作，按照法院的要求提供证据、参加庭审等。这有助于加快案件的审理进度，并确保你的权益得到及时维护。

最后，我想强调的是，法律纠纷的处理需要时间和耐心。你需要做好充分的准备，积极应对各种可能的情况，并相信法院会作出公正的裁决。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。