工程合同中约定“签字并盖章生效”，但实际只盖了公章没有签名，并不直接导致合同无效，合同效力需结合实际情况和相关法律法规综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律规定层面
根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定：“当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。” 这表明，在法律上，盖章与签字具有同等的效力，都是对合同内容的确认和认可。因此，仅从法律规定来看，只盖章未签字并不影响合同的成立。
二、合同约定层面
尽管法律规定盖章与签字具有同等效力，但合同双方可以在合同中约定特定的生效条件。如果工程合同中明确约定“合同自双方签字且盖章之日起生效”，那么在这种情况下，如果只盖章而没有签字，合同可能并未满足约定的生效条件，从而可能导致合同不生效。不过，这并不意味着合同绝对无效，因为合同双方可能在实际履行过程中以行为表明接受合同内容，此时合同也可能被认定为成立并有效。
三、实际操作层面
在实际操作中，我们还需要注意以下几点以确保合同的合法性及有效性：
印章的有效性：所盖的章必须是真实且合法有效的。如果印章是伪造的或存在其他问题，那么合同的效力将会受到严重影响。因此，在签订合同前，务必确认对方所使用的印章是否真实有效。
合同履行情况：根据《民法典》的相关规定，在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同同样成立。因此，如果合同双方在实际履行过程中已经按照合同约定履行了主要义务，且对方接受了履行，那么即使合同只盖章未签字，也可能被认定为成立并有效。
特殊情况下的合同无效性：如果盖章是通过非法手段获取的，或者盖章主体存在欺诈、胁迫等违法行为，这些都将影响合同的真实性和合法性，可能导致合同被认定为无效。此外，如果合同内容违反法律法规的强制性规定，如涉及违法建筑、违反环保法规等，也会导致合同无效。
四、建议与风险提示
尽量同时签字和盖章：为了确保合同的完整性和法律效力，建议在签订合同时尽量同时签字和盖章。这样可以避免因只盖章未签字而引发的合同效力争议。
仔细审查合同条款：在签订合同时，应仔细阅读合同条款，确保了解并满足合同的生效条件。如果合同中有特别约定，如“签字并盖章生效”，那么应严格按照约定执行。
保留相关证据：在合同履行过程中，应保留好相关证据，如履行凭证、沟通记录等。这些证据在发生争议时可以作为证明合同成立并有效的依据。
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