结论：在劳动仲裁案件中，仲裁判决书原告不在场，而被告人事科负责人担任书记员的情况，一般是不合法的，可能存在程序违法的问题。下面我将从多个角度详细分析这一问题。

一、仲裁程序的基本要求

劳动仲裁作为解决劳动争议的一种重要方式，其程序必须严格遵守法律法规的规定，以确保仲裁的公正性和合法性。在仲裁程序中，仲裁员、书记员等人员的选任和职责都有明确的规定，以确保仲裁过程的公正无私和透明度。

二、书记员的职责与选任

书记员在仲裁程序中扮演着重要的角色，他们负责记录仲裁过程中的各项活动，包括当事人的陈述、证据的提交、仲裁员的裁决等。因此，书记员必须保持中立，不得与任何一方当事人存在利害关系，以确保记录的客观性和准确性。

1. 书记员的选任：

• 书记员通常应由仲裁机构指定或选任，且应具备相应的法律知识和职业素养。
• 书记员不得与案件当事人或其代理人存在利害关系，以避免影响仲裁的公正性。

2. 被告人事科负责人担任书记员的问题：

• 如果被告人事科负责人担任书记员，由于其与被告人存在直接的利害关系（如工作关系、利益关联等），这很可能影响其记录的客观性和准确性。
• 此外，这种安排也可能违反仲裁程序中的回避原则，即与案件有利害关系的人员应回避参与仲裁过程。

三、原告不在场的影响

在仲裁程序中，原告和被告都有权参与仲裁过程，包括陈述自己的观点、提交证据等。如果原告不在场，而被告人事科负责人又担任书记员，这可能导致以下问题：

1. 程序不公正：

• 原告无法当场对被告的陈述和证据进行反驳或质证，可能损害其合法权益。
• 被告人事科负责人作为书记员，可能因利害关系而偏向被告，进一步加剧程序的不公正。

2. 仲裁结果可能被撤销或无效：

• 如果仲裁程序存在严重违法或不当之处，如书记员选任不当、原告不在场等，仲裁结果可能被法院撤销或认定为无效。

四、法律建议

1. 对于原告：

• 如果发现仲裁程序中存在上述问题，如书记员选任不当或自己不在场等，应及时向仲裁机构提出异议或申请回避。
• 如果仲裁结果已经作出且对自己不利，可以考虑向法院提起诉讼或申请撤销仲裁裁决。

2. 对于被告：

• 应遵守仲裁程序的规定，不得利用与书记员的关系来影响仲裁的公正性。
• 如果认为仲裁程序存在问题或对自己不利，也可以通过合法途径提出异议或申请救济。

3. 对于仲裁机构：

• 应严格遵守法律法规的规定，确保仲裁程序的公正性和合法性。
• 加强对书记员等仲裁参与人员的选任和管理，避免利害关系人员参与仲裁过程。

总之，在劳动仲裁案件中，仲裁判决书原告不在场而被告人事科负责人担任书记员的情况一般是不合法的。如果遇到类似问题，建议及时咨询专业律师（即我本人，侯泽英律师，专注于工伤赔偿、合同纠纷领域）以获取更具体的法律建议和帮助。