公司不能申请工伤的原因可能涉及多个方面，以下是一些常见且关键的原因，结合相关法规进行详细解释：
一、不符合工伤认定的基本条件
根据《工伤保险条例》第十四条，职工只有在特定情形下才能被认定为工伤，包括：
工作时间和工作场所内因工作原因受伤：如果职工的伤害并非发生在工作时间或工作场所内，或者并非因工作原因导致，那么就不符合工伤认定的基本条件。
非工作相关的伤害：如职工因个人原因（如打架斗殴、自残、自杀等）导致的伤害，或者因醉酒、吸毒等违法行为导致的伤害，均不被认定为工伤。
二、未在规定时间内提出申请
用人单位申报时限：根据规定，职工所在用人单位应在事故伤害发生或者职业病被确诊后的30日内提出工伤认定申请。如果用人单位未在此期限内提出申请，且没有特殊情况并经社会保险行政部门同意延长申请时限，那么可能失去申请工伤认定的资格。
职工或近亲属、工会组织申报时限：如果用人单位未在规定时间内提出申请，工伤职工或者其近亲属、工会组织可以在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内提出申请。但超过这个时限，也可能导致无法申请工伤认定。
三、缺乏必要的申请材料或证据
申请材料不全：申请工伤认定需要提交一系列材料，如工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系的证明材料、医疗诊断证明等。如果申请材料不全或不符合要求，社会保险行政部门可能不予受理。
证据不足：在申请工伤认定时，需要提供充分的证据证明职工的伤害是在工作时间、工作场所内因工作原因导致的。如果证据不足或存在争议，社会保险行政部门可能无法作出工伤认定的决定。
四、特定情形下的不予认定
故意犯罪导致的伤亡：根据《关于执行<工伤保险条例>若干问题的意见(三)》第五条，职工伤亡如果是由于本人的故意犯罪导致的，不认定为工伤。
非本人主要责任的交通事故认定依据不足：如果职工在上下班途中受到交通事故伤害，但无法证明是非本人主要责任导致的，或者有关部门没有确认交通事故事实存在，那么社会保险行政部门可能不予认定工伤。
其他法定不予认定情形：如职工因醉酒、吸毒等违法行为导致的伤害，或者利用现代通讯方式进行简单工作沟通（具有临时性和偶发性）时发生的伤害，通常也不被认定为工伤。
五、劳动关系存在争议
如果职工与用人单位之间的劳动关系存在争议，且难以确认，那么社会保险行政部门在受理工伤认定申请时可能会要求申请人通过仲裁、诉讼等方式先确认劳动关系。在劳动关系未确认之前，工伤认定申请可能无法得到处理。
总结与建议：
公司不能申请工伤的原因可能涉及不符合工伤认定的基本条件、未在规定时间内提出申请、缺乏必要的申请材料或证据、特定情形下的不予认定以及劳动关系存在争议等多个方面。为了避免这种情况的发生，公司应加强工伤预防意识，及时为职工缴纳工伤保险费，并在职工发生工伤事故后尽快提出工伤认定申请，同时准备好必要的申请材料和证据。如果遇到劳动关系争议或其他复杂情况，建议及时咨询专业律师或社会保险行政部门以获取帮助。