结论：公司与你签订两份主体不一样的合同，其合法性不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
合同内容独立且合法有效的情况
- 如果两份合同的内容各自独立，不相互冲突，且都符合法律法规的规定，比如一份是劳动合同，明确了你与公司之间的劳动关系、工作内容、薪酬等；另一份是服务合同，约定了你为公司提供特定服务的条款，如咨询、培训等，且服务内容不属于劳动合同的范畴。这种情况下，两份合同都是合法有效的，公司与你签订这样的合同并不违法。
合同内容存在冲突或规避法律义务的情况
- 如果两份合同的内容存在冲突，或者公司试图通过签订两份不同主体的合同来规避某些法律义务，比如逃避缴纳社会保险、规避工伤赔偿责任等，那么这种行为可能是违法的。例如，公司以一个主体的名义与你签订劳动合同，但实际用工的是另一个主体，且该主体未为你缴纳社会保险，这就可能构成违法。
- 另外，如果两份合同实际上是为了掩盖同一法律关系，比如公司为了规避对劳动者的保护义务，将一份本应签订的劳动合同拆分成两份不同主体的合同，这也可能被认定为违法。
合同主体变更的合法性
- 如果两份合同涉及合同主体的变更，比如公司因为重组、分立等原因需要变更合同主体，且这种变更得到了你的同意，并且按照法律法规的规定办理了相关手续，那么这种变更就是合法的。但需要注意的是，即使合同主体变更，原合同的权利义务关系通常也会随之转移，新的合同主体需要承担原合同主体的权利和义务。
法律建议：
- 如果你对公司与你签订的两份主体不一样的合同存在疑虑，建议你仔细审查两份合同的内容，看是否存在冲突或规避法律义务的情况。
- 如果你发现公司存在违法行为，比如逃避缴纳社会保险、规避工伤赔偿责任等，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 在签订任何合同之前，都建议你仔细阅读合同条款，确保自己完全理解合同内容，并在必要时咨询专业律师的意见。
可能后果：
- 如果两份合同都是合法有效的，那么你需要按照合同约定履行自己的义务，并享受合同约定的权利。
- 如果公司存在违法行为，你可能会面临一些风险，比如社会保险未缴纳、工伤赔偿无法得到保障等。在这种情况下，你需要及时采取措施来维护自己的权益。
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