结论前置：
- 一般情况下，休息后扣基本工资是不合法的。职工在休息期间，如年休假、病假等，应享受相应的工资待遇，用人单位不得随意扣减。
- 但存在特定情形下，用人单位可能不支付工资或支付较低工资，如职工因个人原因请假且未提供劳动，或者符合法律规定的某些不享受带薪休假的情况。
法律分析：
带薪年休假制度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十五条及《职工带薪年休假条例》第二条，职工连续工作一年以上的，享受带薪年休假。这是职工的法定权利，单位应当保证职工享受这一权益。
- 职工在年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入，用人单位不得扣发。
病假工资待遇：
- 职工因病或非因工负伤需要休息时，根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，职工在医疗期内享有病假工资或疾病救济费，具体标准由用人单位按照不低于当地最低工资标准的80%支付。
- 这意味着，即使职工因病休息，用人单位也不能完全扣发其工资，而是需要支付一定比例的病假工资。
特殊情况下的工资支付：
- 如果职工因个人原因请假且未提供劳动，用人单位可能不支付该期间的工资。但这种情况需要明确区分于法定休息或休假，且应符合用人单位的规章制度和劳动合同约定。
- 另外，根据《职工带薪年休假条例》第四条，存在某些情形下职工不享受当年的年休假，如依法享受寒暑假且休假天数多于年休假天数的、请事假累计20天以上且单位按照规定不扣工资的等。在这些情况下，用人单位可能不支付年休假工资，但这并不等同于可以随意扣发其他休息期间的工资。
用人单位的违法责任：
- 如果用人单位违反法律规定扣发职工休息期间的工资，职工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位补发工资并可能获得赔偿金。
建议与行动：
- 与用人单位沟通：如果您发现用人单位扣发了您休息期间的工资，首先尝试与用人单位沟通，了解扣发原因并要求其补发。
- 收集证据：保留好与用人单位沟通的记录、工资条、请假条等相关证据，以备后续维权使用。
- 寻求法律援助：如果与用人单位沟通无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，必要时也可以咨询我，我会根据您的具体情况提供进一步的法律建议。
总结：
休息后扣基本工资是否合法取决于具体情况。在一般情况下，职工在休息期间应享受相应的工资待遇，用人单位不得随意扣减。但存在特定情形下，用人单位可能不支付工资或支付较低工资。如果您遇到此类问题，建议首先与用人单位沟通并收集证据，必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。