在合同期内员工生病时，工资的发放主要依据病假工资规定及医疗期相关法律来处理，具体如下：

1. 病假工资的发放标准
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》及部分地方性法规（如《上海市企业工资支付办法》），病假工资通常按以下规则计算：
   

• 连续工龄不满2年：按本人工资的60%计发；
  
• 连续工龄满2年不满4年：按本人工资的70%计发；
  
• 连续工龄满4年不满6年：按本人工资的80%计发；
  
• 连续工龄满6年不满8年：按本人工资的90%计发；
  
• 连续工龄满8年及以上：按本人工资的100%计发。
  注意：若地方规定高于上述标准（如北京、上海等地），需优先适用地方标准；且病假工资不得低于当地最低工资标准的80%（部分地区如上海明确为全额最低工资）。

1. 医疗期内的工资保护
   医疗期是指员工因患病或非因工负伤停止工作治病休息，用人单位不得解除劳动合同的期限（具体时长根据工龄和社保缴费年限确定，一般为3-24个月）。
   

• 医疗期内：用人单位需按上述病假工资标准支付工资，且不得以“不能胜任工作”等理由解除合同。
  
• 医疗期满后：若员工仍无法从事原工作或另行安排的工作，用人单位可依法解除合同，但需支付经济补偿金（N倍工资）及医疗补助费（部分地区要求）。

1. 特殊情形处理
   

• 非全日制员工：病假期间是否支付工资需看合同约定，法律无强制要求。
  
• 试用期员工：同样享受医疗期及病假工资待遇，但试用期可能因医疗期延长而顺延。
  
• 未及时办理病假手续：若员工因客观原因无法及时提交病假证明，用人单位应允许补交，不得直接停发工资。

建议：

• 员工应保留病历、诊断证明等材料，及时向单位提交病假申请；
  
• 用人单位需制定明确的病假管理制度，避免因程序瑕疵引发纠纷。
  

如有具体案例或地方政策疑问，可进一步向我说明细节，我会结合实际情况为您分析。