结论：工程居间合同中可以约定甲方承担所有税费后支付给乙方的净额为总工程量的百分比，但这样的约定需确保合法合规，并充分考虑税务、法律及合同履行等多方面的因素。

详细分析：

1. 合同自由原则：

   • 根据合同法的相关规定，合同双方在平等、自愿、公平的基础上，有权自由约定合同的内容，包括费用的承担方式。因此，从合同自由的角度来看，工程居间合同中约定甲方承担所有税费后支付给乙方的净额为总工程量的百分比，是双方协商一致的结果，原则上是被允许的。

2. 税务合规性：

   • 然而，这样的约定必须确保税务上的合规性。税费是法律规定的义务，合同双方不能通过约定来逃避或减轻这一义务。因此，在约定甲方承担所有税费时，需要明确税费的种类、计算方式及支付方式，并确保这些约定符合税法的规定。
   • 例如，如果约定甲方承担的是增值税，那么需要确保增值税的计算和缴纳符合税法的规定，包括税率的选择、计税依据的确定等。

3. 合同履行风险：

   • 约定甲方承担所有税费后支付给乙方的净额为总工程量的百分比，还可能带来合同履行上的风险。如果税费计算不准确或支付不及时，可能会影响合同的履行和双方的权益。
   • 因此，在约定时，需要明确税费的计算方式和支付时间，以及因税费问题导致合同履行障碍时的责任承担方式。

4. 实际操作建议：

   • 在实际操作中，建议合同双方在约定甲方承担所有税费时，先咨询专业的税务机构或律师，确保约定的合法性和合规性。
   • 同时，可以在合同中明确约定税费的计算方式、支付时间、支付方式以及因税费问题导致的违约责任等，以降低合同履行风险。

举例说明：

假设一个工程居间合同中约定，甲方承担所有税费后支付给乙方的净额为总工程量的5%。那么，在合同履行过程中，甲方需要按照税法的规定计算并缴纳相关税费，然后将扣除税费后的净额按照5%的比例支付给乙方。如果税费计算不准确或支付不及时，导致乙方未能按时收到款项，甲方可能需要承担违约责任。

后续行动建议：

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