结论：分家协议丢失，且分给儿子的房子登记在父亲名下，仅儿子长期居住使用这一事实，并不直接构成物权转移。物权转移需要满足一定的法律要件，居住使用本身并不足以证明物权已经发生转移。

详细分析：

1. 物权转移的法律要件：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，物权转移通常需要满足以下要件：一是存在有效的物权变动原因（如买卖、赠与、继承等）；二是完成物权变动的公示（如不动产的登记）。在房屋产权的情况下，登记是物权转移的关键环节。

2. 分家协议的作用与丢失的影响：

   • 分家协议是家庭成员之间就家庭财产分配达成的协议，它具有一定的法律效力。然而，如果分家协议丢失，且没有其他证据（如书面记录、证人证言等）来证明协议的内容和存在，那么该协议在法律上的证明力将受到严重影响。
   • 即便分家协议存在且有效，如果房屋产权未按照协议进行变更登记，那么房屋的所有权仍然属于登记在册的父亲，而非儿子。

3. 长期居住使用的法律意义：

   • 儿子长期居住使用房屋，这只能说明儿子对房屋有实际的控制和使用权，但并不能直接证明儿子已经取得了房屋的所有权。
   • 在法律上，居住使用并不等同于所有权，除非有明确的法律规定或合同约定将居住使用视为所有权的转移。

4. 可能的法律后果与建议：

   • 如果儿子想要确认或取得房屋的所有权，他需要与父亲协商并办理房屋产权的变更登记手续。
   • 如果父亲不愿意配合办理变更登记，儿子可以考虑通过法律途径解决，如提起诉讼要求确认房屋所有权或要求父亲履行分家协议等。但在此过程中，儿子需要提供充分的证据来证明分家协议的存在和内容，以及他长期居住使用房屋的事实。
   • 鉴于分家协议已经丢失，儿子应尽快收集其他相关证据（如家庭成员的证言、之前的书面记录、照片或视频等）来支持他的主张。

进一步思考：

• 在处理此类家庭财产纠纷时，建议家庭成员之间尽量通过书面协议来明确财产分配和归属，以避免未来可能出现的争议和纠纷。
• 如果已经发生了纠纷，且无法通过协商解决，那么及时咨询专业律师并寻求法律帮助是非常重要的。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。

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