结论：分家协议丢失且房子登记在父亲名下时，父母不承认分家协议的内容并不意味着协议无效或儿子无法主张权利，儿子仍可通过多种途径来维护自己的权益。

分析说明：

1. 分家协议的法律效力：

   • 分家协议，如果是在家庭成员自愿、平等的基础上签订的，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么该协议是具有法律效力的。即使协议原件丢失，如果有其他证据能够证明协议的存在及其内容（如复印件、见证人证言、录音录像等），儿子仍然可以依据这些证据来主张自己的权利。

2. 房产登记与实际权属：

   • 房产登记在父亲名下，并不直接决定房产的实际权属。如果分家协议中明确约定了房产的归属，且该约定符合法律规定，那么房产的实际权属应按照协议来确定。儿子可以通过法律途径，如提起确权之诉，来要求确认房产的实际权属。

3. 父母不承认分家协议的处理：

   • 如果父母不承认分家协议的内容，儿子可以收集其他证据来证明协议的存在及其内容。这些证据可以包括但不限于：协议的复印件、见证人的证言、与父母的聊天记录或录音录像等。
   • 如果儿子能够提供足够的证据来证明分家协议的存在及其内容，那么即使父母不承认，法院也可能根据证据来认定协议的法律效力，并据此作出判决。

4. 可能的法律后果：

   • 如果儿子能够成功证明分家协议的存在及其内容，且该协议符合法律规定，那么法院可能会判决房产归儿子所有，或者要求父母按照协议履行相应的义务（如过户房产等）。
   • 如果儿子无法提供足够的证据来证明分家协议的存在及其内容，或者协议内容违反法律法规的强制性规定，那么儿子可能无法主张自己的权利，或者法院可能不会支持其诉讼请求。

行动建议：

• 收集证据：儿子应尽快收集能够证明分家协议存在及其内容的其他证据，如复印件、见证人证言、聊天记录或录音录像等。
• 咨询律师：在收集证据的过程中，儿子可以咨询专业律师（即我，阎书波律师，专注于合同纠纷、婚姻家庭领域）的意见，以了解自己的权利和义务，以及如何更好地维护自己的权益。
• 提起诉讼：如果父母仍然不承认分家协议的内容，且儿子认为自己的权益受到了侵害，那么儿子可以考虑向法院提起诉讼，要求确认房产的实际权属或要求父母按照协议履行相应的义务。

特殊场景：

• 如果分家协议中涉及到了其他家庭成员的利益，或者房产的权属存在其他争议（如共有权、继承权等），那么儿子在主张自己的权利时可能需要更加谨慎和全面地考虑各种因素。在这种情况下，咨询专业律师的意见将尤为重要。

相关法规：

• 《中华人民共和国民法典》中关于合同效力、物权变动的相关规定，以及关于家庭关系、继承等方面的规定，都可能对本案的处理产生影响。具体来说，如果分家协议符合合同生效的要件，且不违反法律法规的强制性规定，那么该协议是具有法律效力的；同时，物权的变动也需要遵循法律的规定，如不动产的登记制度等。