结论前置：镇政府收取企业保证金后未按约定退还且资金已被使用，企业可通过协商、行政投诉、民事诉讼或行政诉讼等途径维权，具体如下：

1. 协商解决
   企业可首先与镇政府进行友好协商，明确要求其按照约定退还保证金。协商过程中需保留书面沟通记录（如函件、邮件等），以证明企业已履行催告义务。若镇政府承认债务但暂无资金，可要求其出具书面还款计划并加盖公章，为后续法律程序提供证据。

2. 行政投诉
   根据《优化营商环境条例》及《行政事业性收费项目审批管理暂行办法》，镇政府无权擅自设立保证金项目或挪用资金。企业可向县级以上人民政府或财政部门投诉，要求对镇政府的违规行为进行查处，并督促退还资金。投诉时需提交保证金缴纳凭证、政府文件（如有）、沟通记录等材料。

3. 民事诉讼
   若镇政府以合同关系收取保证金（如招商引资协议），企业可依据《民法典》第五百七十七条（违约责任）向法院提起民事诉讼，要求镇政府返还保证金并赔偿利息损失。诉讼中需重点证明：

   • 保证金缴纳的合法性（如协议、收据）；
     
   • 镇政府未履行退还义务的违约事实；
     
   • 资金被挪用的证据（如财政部门答复、审计报告等）。
     注：若镇政府为被告，需以“XX镇人民政府”为诉讼主体，而非镇政府工作人员。

4. 行政诉讼
   若镇政府收取保证金的行为缺乏法律依据（如无上级文件授权），企业可依据《行政诉讼法》第十二条，以镇政府为被告提起行政诉讼，请求法院确认其行政行为违法并责令退还资金。此途径需证明：

   • 镇政府无权设立保证金项目；
     
   • 企业已履行合理注意义务（如要求政府出示收费依据）。
     

风险提示：

• 若镇政府已无财政资金，即使胜诉也可能面临执行困难，企业可申请将镇政府列为失信被执行人，或向上级财政部门申请专项拨款。
  
• 维权过程中需注意时效：民事诉讼时效为3年，行政诉讼时效为6个月（自知道或应当知道权利受损之日起计算）。
  

建议行动步骤：

1. 收集所有与保证金相关的证据（协议、收据、沟通记录等）；
   
2. 向镇政府发送书面《催告函》，明确退还要求及期限；
   
3. 同时向县级财政部门提交《违规收费投诉书》；
   
4. 若30日内未获解决，根据证据情况选择民事或行政诉讼。
   

企业可根据自身证据充分程度及镇政府态度，灵活选择上述途径组合维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。