针对政府单位收到的乙方履约保证金因乙方违约不归还的情况，处理方式需结合法律规定与合同条款综合判断，以下是具体分析：

1. 优先依据合同条款处理
   若双方签订的合同中明确约定了“乙方违约时履约保证金不予退还”，且该条款不违反法律强制性规定（如未超出违约损失的合理范围），政府单位可直接依据合同没收保证金。此时需注意：

   • 合同条款需经双方平等协商，不存在欺诈、胁迫等情形；
     
   • 没收金额应与乙方违约造成的实际损失相当，若保证金过高，乙方可能主张调整（参考《民法典》第585条关于违约金过高的调整规则）。

2. 合同未约定或约定不明时的处理
   若合同未明确约定保证金的处理方式，政府单位需证明乙方的违约行为与保证金没收之间的因果关系，例如：

   • 乙方未按合同约定履行义务（如工期延误、质量不达标）；
     
   • 政府单位已按合同约定发出整改通知或解除合同通知；
     
   • 乙方违约行为导致政府单位产生实际损失（如另行委托第三方完成工作的费用）。
     此时，政府单位可主张将保证金抵扣损失，剩余部分需退还；若保证金不足以覆盖损失，可要求乙方另行赔偿。

3. 程序合规性要求
   政府单位处理保证金时需注意程序合法性：

   • 若保证金以现金形式缴纳，需留存收款凭证；
     
   • 若以银行保函形式缴纳，需按保函约定程序兑付；
     
   • 决定没收保证金前，建议书面通知乙方并说明理由，保留送达证据（如EMS邮寄回执、电子邮件截图）；
     
   • 若涉及公共资金管理，需符合财政部门关于保证金退还与没收的专项规定。

4. 乙方异议的应对
   若乙方对保证金没收提出异议（如主张违约情节轻微、保证金过高），政府单位可：

   • 引用合同条款或法律规定反驳；
     
   • 提供乙方违约的证据（如验收报告、监理日志、沟通记录）；
     
   • 若协商无果，可建议乙方通过行政复议或诉讼解决，同时做好应诉准备。

建议行动步骤：

1. 核查合同中关于履约保证金的条款；
   
2. 整理乙方违约的证据材料；
   
3. 评估保证金金额与实际损失的匹配性；
   
4. 书面通知乙方处理结果并留存证据；
   
5. 若遇争议，及时咨询法律专业人士完善应对方案。
   

如有进一步细节需要分析（如合同具体条款、违约情形等），可随时补充说明，我会为您细化解答。