结论：超过三天未上班是否算自动离职，并非由法律直接规定，而是主要取决于用人单位的规章制度、员工未上班的具体原因以及相关法律法规的规定。以下从不同角度为您详细分析：
一、公司规章制度的关键作用
合法有效的规章制度：
- 若公司的规章制度中明确规定了连续旷工三天视为自动离职，并且该规定已经过民主程序制定（如经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定），同时向劳动者进行了公示或告知，那么员工在无正当理由且未履行请假手续的情况下连续三天未上班，公司可以依据此规定认定员工自动离职。
规章制度的合法性审查：
- 如果公司没有相关规定，或者虽有规定但制定过程不合法（如未经民主程序）、内容不合理（如对旷工的界定过于严苛、惩罚与过错不相适应等），则公司不能仅凭连续三天未上班就认定员工自动离职。此时，公司应依据其他法律法规或劳动合同约定来处理员工的缺勤问题。
二、员工未上班原因的考量
正当理由：
- 若员工因不可抗力（如自然灾害、突发疾病等）或其他正当理由（如家中突发重大变故需紧急处理等）导致连续三天无法上班，并在事后及时向公司说明情况并提供相关证明，那么一般不应认定为自动离职。员工应保留好相关证据，以便在需要时向公司出示。
无故旷工：
- 如果员工没有任何正当理由，也未履行请假手续，连续三天无故不上班，且公司的规章制度中有合法有效的自动离职规定，那么公司可以依据规定认定员工自动离职。
三、法律后果与处理建议
离职手续与工资结算：
- 即使员工被认定为自动离职，用人单位也应按照法律规定妥善处理好相关手续及工资结算等问题。例如，要结清员工在职期间的工资，不能随意克扣。这是保障员工合法权益的重要一环。
经济损失赔偿：
- 若员工旷工给单位造成经济损失，员工需承担赔偿责任。但单位在从员工工资中扣除赔偿金时，应遵守法律规定，每月扣除部分不得超过工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
四、实际操作中的注意事项
- 规章制度制定与公示：用人单位在制定规章制度时，应确保内容合法、合理，并经过民主程序制定，同时向劳动者进行公示或告知。这是规章制度具有法律效力的前提。
- 员工沟通与请假：员工在因故无法上班时，应及时与公司沟通并请假，以避免不必要的误解和纠纷。同时，员工应保留好相关证据，以便在需要时向公司出示。
- 劳动仲裁与诉讼：若劳动者认为用人单位的旷工离职规定不合理或不合法，或者用人单位在处理旷工问题时存在违法行为，劳动者可以通过劳动仲裁或诉讼等方式维护自身权益。
总结：超过三天未上班是否算自动离职，是一个复杂的问题，需要综合考虑公司的规章制度、员工未上班的原因以及相关法律法规的规定。对于员工而言，应及时与公司沟通并请假以避免不必要的误解和纠纷；对于公司而言，在处理此类问题时应严格按照规章制度和法律法规进行操作，确保员工的合法权益得到保障。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。