结论概述：公司停工超过三天并不直接等同于自动离职。是否构成自动离职，主要取决于公司的规章制度以及员工停工的具体原因。
公司规章制度的角度：
- 合法有效的规章制度：如果公司的规章制度中明确规定了连续旷工（或停工）多少天视为自动离职，并且该规定已经过民主程序制定（如经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定），同时向劳动者进行了公示或告知，那么员工在无正当理由且未履行请假手续的情况下连续停工超过规定天数，公司可以依据此规定认定员工自动离职。
- 规章制度的合法性审查：如果公司没有相关规定，或者虽有规定但制定过程不合法（如未经民主程序）、内容不合理（如对旷工的界定过于严苛、惩罚与过错不相适应等），则公司不能仅凭连续停工超过三天就认定员工自动离职。此时，公司应依据其他法律法规或劳动合同约定来处理员工的缺勤问题。
员工停工原因的角度：
- 正当理由：若员工因不可抗力（如自然灾害、突发疾病等）或其他正当理由（如家中突发重大变故需紧急处理等）导致连续停工超过三天，并在事后及时向公司说明情况并提供相关证明，那么一般不应认定为自动离职。员工应保留好相关证据，以便在需要时向公司出示。
- 无故停工：如果员工没有任何正当理由，也未履行请假手续，连续停工超过三天，且公司的规章制度中有合法有效的自动离职规定，那么公司可以依据规定认定员工自动离职。
法律后果与处理建议：
- 离职手续与工资结算：即使员工被认定为自动离职，用人单位也应按照法律规定妥善处理好相关手续及工资结算等问题。例如，要结清员工在职期间的工资，不能随意克扣。这是保障员工合法权益的重要一环。
- 经济损失赔偿：若员工停工给单位造成经济损失，员工需承担赔偿责任。但单位在从员工工资中扣除赔偿金时，应遵守法律规定，每月扣除部分不得超过工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
- 建议：对于员工而言，应及时与公司沟通并请假以避免不必要的误解和纠纷；对于公司而言，在处理此类问题时应严格按照规章制度和法律法规进行操作，确保员工的合法权益得到保障。同时，公司也可以考虑在规章制度中明确停工与自动离职的具体规定，以减少争议和纠纷的发生。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第四条：用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条：劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（二）严重违反用人单位的规章制度的。
综上所述，公司停工超过三天并不直接构成自动离职，而是需要综合考虑公司的规章制度、员工停工的原因以及相关法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。