厂房出租包含公摊面积是合法的，但具体是否合理及如何处理需视合同约定和实际情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
法律层面：
- 目前，我国并没有明确的法律法规禁止厂房出租时包含公摊面积。公摊面积是建筑物共有部分面积的分摊，这在房地产领域是常见的做法。只要出租方和承租方在租赁合同中明确约定了公摊面积的计算方式、分摊比例以及租金包含公摊面积等条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么这样的约定就是有效的。
合同约定层面：
- 厂房租赁合同是双方协商一致的产物，合同中的条款应当明确、具体。如果合同中明确约定了租金包含公摊面积，且承租方在签订合同时对此表示认可，那么承租方就需要按照合同约定支付包含公摊面积的租金。
- 如果合同中没有明确约定公摊面积的处理方式，或者约定不明确，那么双方可能会因此产生纠纷。在这种情况下，建议双方首先通过协商解决；协商不成的，可以寻求法律途径解决，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
实际操作层面：
- 在实际操作中，出租方通常会根据厂房的实际情况和市场需求来确定租金是否包含公摊面积。如果公摊面积较大，且对承租方的使用产生较大影响，那么出租方可能会考虑在租金中给予一定的优惠或调整。
- 承租方在签订租赁合同时，应当仔细阅读合同条款，特别是关于公摊面积的部分。如果合同中有不明确或存在歧义的条款，应当及时向出租方提出询问或要求修改合同。
建议与注意事项：
- 对于出租方而言，建议在租赁合同中明确约定公摊面积的计算方式、分摊比例以及租金是否包含公摊面积等条款，以避免后续产生纠纷。
- 对于承租方而言，在签订租赁合同时，除了关注租金价格外，还应当关注公摊面积的大小及其对使用的影响。如果可能的话，可以要求出租方提供厂房的平面图或相关测量数据，以便更准确地了解公摊面积的情况。
总结来说，厂房出租包含公摊面积本身并不违法，但关键在于合同中的约定是否明确、合理。如果您在厂房租赁过程中遇到相关问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。