结论前置：员工旷工扣款是否违法，主要取决于用人单位的规章制度是否合法有效，以及扣款措施是否符合相关法律法规的规定。若规章制度未经合法程序制定、未公示或告知劳动者，或扣款措施违反法律法规，则可能构成违法。
一、主要法律依据及旷工扣款的合法性分析
《中华人民共和国劳动法》第四条：
- 用人单位应依法建立和完善规章制度，保障劳动者权利与履行义务。这赋予了用人单位制定内部规章制度的权利，但规章制度必须依法制定，不得违反法律法规，并向劳动者公示告知。若规章制度中关于旷工扣款的规定未经合法程序制定或未公示告知，则该规定可能无效，扣款行为可能违法。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条：
- 劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。此条款虽未直接涉及旷工扣款，但为旷工行为的处理提供了法律依据。若旷工被界定为严重违纪，且规章制度经过合法程序制定和公示，则用人单位可依据此条款解除劳动合同，但并不意味着可以随意扣款。扣款仍需遵循《工资支付暂行规定》等相关法律法规。
《工资支付暂行规定》第十六条：
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。这是关于旷工扣款最直接的法律依据。若旷工行为未给用人单位造成经济损失，或扣款金额超过法定标准，则扣款行为可能违法。
二、旷工扣款的合法实施条件
规章制度的合法性与公示：
- 用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并公示或告知劳动者。这是确保规章制度有效性的关键步骤，也是旷工扣款合法性的前提。
证据的保留：
- 用人单位在实施旷工扣款前，应确保有充分的证据支持，如考勤记录、通知等。这些证据将在劳动争议中发挥重要作用，证明旷工行为的存在及扣款的合理性。
扣款措施的合法性：
- 扣款金额不得超过法定标准，即每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。若扣款金额超过此标准，则扣款行为可能违法。
三、旷工扣款的违法后果及应对建议
违法后果：
- 若用人单位因旷工扣款行为违法，可能面临劳动行政部门的处罚，如责令改正、罚款等。同时，劳动者也有权向劳动争议仲裁机构或人民法院提起诉讼，要求用人单位返还违法扣款并支付赔偿金。
应对建议：
- 用人单位应加强内部管理，完善规章制度，确保旷工扣款措施的合法性和合理性。在制定规章制度时，应充分征求劳动者意见，确保规章制度的民主性和公正性。同时，在实施旷工扣款前，应确保有充分的证据支持，并遵循法定程序进行扣款。
- 劳动者在面对旷工扣款时，应首先了解用人单位的规章制度及扣款措施是否合法。若认为扣款行为违法，可向劳动行政部门投诉或向劳动争议仲裁机构提起仲裁申请，维护自己的合法权益。
总结：员工旷工扣款是否违法，需根据用人单位的规章制度是否合法有效、扣款措施是否符合相关法律法规的规定来判断。用人单位应加强内部管理，完善规章制度，确保旷工扣款措施的合法性和合理性；劳动者在面对旷工扣款时，也应了解自己的权益并积极维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。