员工旷工扣钱是否合法，需依据企业规章制度及法律规定具体判断。以下是从不同角度进行的详细分析：

一、法律背景与依据

自2008年1月15日国务院废止《企业职工奖惩条例》后，我国法律未再直接赋予用人单位对劳动者进行罚款的权力。因此，从法律依据层面看，企业直接设定罚款制度缺乏明确的上位法支持。但这并不意味着企业完全不能对旷工员工进行任何经济上的管理或约束。

二、企业规章制度的合法性要求

1. 内容合法：

   • 企业规章制度中关于旷工罚款（或扣减工资）的规定不得违反法律、法规的强制性规定。例如，罚款（或扣减）金额应合理，不能过高或过低，且不能与缺勤期间的工资损失严重不符。

2. 程序民主：

   • 企业在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，如劳动纪律、劳动报酬等，应当经过职工代表大会或者全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。这一程序是确保规章制度合法性的重要环节。

3. 公示告知：

   • 企业应当将制定的规章制度进行公示或告知劳动者，以确保员工了解并遵守相关规定。公示方式可以包括员工手册发放、规章制度培训、公告栏张贴等。

三、合法的管理措施

在遵循上述合法性要求的前提下，企业可以采取以下措施对旷工员工进行管理和约束：

1. 扣减相应工资：

   • 根据《工资支付暂行规定》，对于劳动者缺勤的情况，企业可以不支付缺勤期间的工资。但扣除后的工资不得低于当地最低工资标准，以保障劳动者的基本生活需求。
   • 计算公式示例：假设员工月工资为5000元，旷工1天，当地最低工资标准为2000元/月。若按日工资计算（假设月工作天数为21.75天），则旷工1天应扣减的工资为：5000元 ÷ 21.75天 ≈ 229.89元。但扣除后剩余工资不得低于2000元，因此实际扣减金额应确保剩余工资不低于此标准。

2. 解除劳动合同：

   • 如果企业的规章制度明确规定旷工达到一定天数属于严重违反用人单位规章制度，并且该规章制度已经过民主程序制定且向劳动者公示或告知，那么企业可以依据《劳动合同法》第三十九条的规定，以劳动者严重违反用人单位规章制度为由解除劳动合同，且无需支付经济补偿。

四、员工权益保护

如果企业违反法律规定或规章制度对员工进行不合理罚款（或扣减工资），员工有权：

1. 与企业协商解决：首先尝试与企业沟通，要求企业说明罚款（或扣减）依据，并寻求合理解决方案。

2. 向劳动监察部门投诉：若协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。

3. 申请劳动仲裁：员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

五、特殊情况处理

在特殊情况下，如员工因不可抗力（如自然灾害、突发疾病等）或公司安排的事务而旷工，企业应合理考虑并不予罚款（或扣减工资）。

总结与建议：企业在处理员工旷工问题时，应严格遵守法律法规和规章制度的要求，采取合法、合理的管理措施来维护企业的正常运营秩序和员工的合法权益。员工也应了解自己的权益和义务，并在必要时采取合适的法律手段来维护自己的合法权益。如果您在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。